Appris主要なアイソフォームとたてがみ選択転写産物は参照スプライスバリアントを定義します

動機：コーディング遺伝子を最もよく表すスプライスバリアントを選択することは、多くの実験分析において重要な第一歩であり、臨床的に関連するバリアントをマッピングするために不可欠です。この研究では、最長のアイソフォーム、Mane Selectの転写産物、Apprisの主要なアイソフォーム、および発現データを比較し、大規模分析のために生物学的重要な参照スプライスバリアントを選択するのに最適な方法を決定することを目的としています。 結果：プロテオミクス分析とヒトの遺伝的変異データは、ほとんどのコーディング遺伝子が単一の主要なタンパク質アイソフォームを持っていることを示唆しています。Apprisの主要なアイソフォームとたてがみの選択トランスクリプトは、これらの主要な細胞のアイソフォームを最もよく説明し、代表者として最も長いスプライスバリアントを使用することは貧弱な戦略であることを示しています。最も長いスプライスアイソフォームに固有のエクソンは、選択的圧力にさらされていないため、機能的に関連する可能性は低いです。式データは、メインスプライスバリアントを選択する手段も不十分です。ApprisのプリンシパルとMANEセレクトのエクソンは、選択選択の下にありますが、代替のトランスクリプトに固有のエクソンはそうではありません。遺伝子のほぼ95％にはたてがみと鑑定官の代表があり、彼らが同意する場合、それらは特に効果的であり、98.2％以上の遺伝子の主なプロテオミクスアイソフォームと一致しています。 可用性と実装：人間、マウス、その他のモデル種のApprisプリンシパルアイソフォームは、Apprisデータベース（https://appris.bioinfo.cnio.es）、Gencode遺伝子（https://www.gencodegenes.org/）からダウンロードできます。およびEnsembl Webサイト（https://www.ensembl.org）。Human ReferenceセットのMANE SELECTトランスクリプトは、Ensembl、Gencode、およびRefSeqデータベース（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/）から入手できます。ApprisデータベースからManeとApprisが一致するスプライスバリアントのリスト。 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。

MOTIVATION: Selecting the splice variant that best represents a coding gene is a crucial first step in many experimental analyses, and vital for mapping clinically relevant variants. This study compares the longest isoforms, MANE Select transcripts, APPRIS principal isoforms, and expression data, and aims to determine which method is best for selecting biological important reference splice variants for large-scale analyses. RESULTS: Proteomics analyses and human genetic variation data suggest that most coding genes have a single main protein isoform. We show that APPRIS principal isoforms and MANE Select transcripts best describe these main cellular isoforms, and find that using the longest splice variant as the representative is a poor strategy. Exons unique to the longest splice isoforms are not under selective pressure, and so are unlikely to be functionally relevant. Expression data are also a poor means of selecting the main splice variant. APPRIS principal and MANE Select exons are under purifying selection, while exons specific to alternative transcripts are not. There are MANE and APPRIS representatives for almost 95% of genes, and where they agree they are particularly effective, coinciding with the main proteomics isoform for over 98.2% of genes. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: APPRIS principal isoforms for human, mouse and other model species can be downloaded from the APPRIS database (https://appris.bioinfo.cnio.es), GENCODE genes (https://www.gencodegenes.org/) and the Ensembl website (https://www.ensembl.org). MANE Select transcripts for the human reference set are available from the Ensembl, GENCODE and RefSeq databases (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/). Lists of splice variants where MANE and APPRIS coincide are available from the APPRIS database. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.