マルチストレインRNAウイルスの生態学的および進化的ダイナミクス

宿主集団における共循環ウイルス株間の潜在的な相互作用は、ウイルス伝達の研究で見落とされがちです。ただし、これらの相互作用は、おそらく宿主の免疫応答に影響を与えるか、共循環株の相対的なフィットネスを変えることにより、伝達ダイナミクスを形成します。このレビューでは、生態学的および進化的観点からのマルチストレインダイナミクス、マルチストレインダイナミクスが発生するスケールの概要を説明し、株間の相互作用を定量化するために使用される重要な免疫学的、系統発生的、数学的モデリングアプローチを要約します。また、宿主と病原体の相互作用が病原体の共循環にどのように影響するかについても説明します。最後に、マルチストレインウイルスの生態学的および進化的ダイナミクスの現在の理論と研究の顕著な質問と知識のギャップを強調します。

Potential interactions among co-circulating viral strains in host populations are often overlooked in the study of virus transmission. However, these interactions probably shape transmission dynamics by influencing host immune responses or altering the relative fitness among co-circulating strains. In this Review, we describe multi-strain dynamics from ecological and evolutionary perspectives, outline scales in which multi-strain dynamics occur and summarize important immunological, phylogenetic and mathematical modelling approaches used to quantify interactions among strains. We also discuss how host-pathogen interactions influence the co-circulation of pathogens. Finally, we highlight outstanding questions and knowledge gaps in the current theory and study of ecological and evolutionary dynamics of multi-strain viruses.