絶対テロメア長を測定するための有効な単一コピー遺伝子を選択するための比較QPCR研究

テロメア短縮は、生物学的老化のためのよく知られているバイオマーカーです。テロメア長（TL）を測定するために使用された方法の以前のレビューは、多様な方法論的手法を使用して、さまざまな研究の結果を比較することがどれほど難しいかを示しています。平均TLを測定するために最も一般的に使用される高スループット法は、定量PCR（QPCR）メソッドであり、2つのプロトコルが利用可能です。相対TLおよび絶対TL（ATL）メソッド。すべてのQPCRメソッドには、2つの異なるプライマーセットを使用してテロメアリピートシーケンス（TTAGGG）Nと単一のコピー遺伝子領域を測定して、平均TL（T/S）比を計算するという点で類似点があります。相対TLとATLアッセイの違いは、従来の相対TL、T/S比法を使用するのではなく、キロ塩のペアでTLを特定するデュプレックスオリゴマー標準の導入にあります。問題は、元々適切な単一コピー遺伝子QPCRアッセイとして使用されていた36B4（RPLP0）を使用して認められました。以前のATL出版物は、インターフェロンベータ1遺伝子（IFNB1）を使用して36B4（RPLP0）シングルコピー遺伝子を置き換えようとしましたが、結果はDNAMTLアッセイと比較した場合、TLの結果との一致の欠如を示しました。ここでは、ATLアッセイに以前に使用されていた2つの単一コピー遺伝子アッセイを比較し、非特異的プライミング増幅なしで代替IFNB1シングルコピー遺伝子アッセイを提供して、より一貫した二倍体コピー数測定と、絶対TLを測定するためのより堅牢で再現可能なアッセイを提供します。

Telomere shortening is a well-known biomarker for biological aging. A previous review of the methods used to measure telomere length (TL) noted how challenging it is to compare results from different studies using diverse methodological techniques. The most commonly used high throughput method for measuring average TL is the quantitative PCR (qPCR) method, where there are two protocols available; the relative TL and the absolute TL (aTL) method. All qPCR methods have similarities in that they use two different primer sets to measure the telomere repeat sequence (TTAGGG)n and a single copy gene region to calculate the average TL, (T/S) ratio. The difference between the relative TL and the aTL assay lies with the introduction of duplex oligomer standards to identify TL in kilobase pairs rather than using the traditional relative TL, T/S ratio method. Problems were noted using 36B4 (RPLP0), which was originally used as a suitable single copy gene qPCR assay. A previous aTL publication attempted to replace the 36B4 (RPLP0) single copy gene using the Interferon beta 1 gene (IFNB1) but results showed a lack of agreement with the TL results when compared to the DNAmTL assay. Here, we compare the two single copy gene assays previously used for the aTL assay and offer an alternative IFNB1 single copy gene assay without non-specific priming amplification to provide more consistent diploid copy number determination and a more robust and reproducible assay for measuring absolute TL.