長期慢性感染中のアネロウイルスの進化

ヒトアネロウイルス（AVS）は非常に遺伝的に多様であり、人口に広く普及しており、慢性感染症を引き起こします。ただし、単一ホスト内のAVSの進化的ダイナミクスは現在不明であり、これらの変更がホストのAVSの長期的な持続性に影響を与えるかどうかは不明です。ここでは、単一の宿主解像度での30年間の慢性感染症の間に、6つのAV系統の進化的ダイナミクスを評価しました。置換の総数と変数サイトの数は、時間とともに増加しました。ただし、すべての置換が人口固定に達したわけではなく、AV系統が宿主内に不均一な群れを形成することを示しています。ほとんどの置換は、スパイクドメイン内にあることが知られているヌクレオチド位置800と1,300のORF1の間に位置する過可視領域（HVR）内で発生しました。ORF1遺伝子の異なる領域は、正または負の選択圧力を受けます。強力な多様化選択圧力の下のサイトはHVRで検出されましたが、浄化選択中のサイトの大部分はこの領域の外で検出されました。HVRは、抗体がORF1のより脆弱な部分に結合するのを防ぐ免疫学的デコイの役割を果たしている可能性があります。さらに、この地域で頻繁に置換されると、AV粒子が免疫認識を逃れる可能性が高くなる可能性があります。

Human anelloviruses (AVs) are extremely genetically diverse, are widespread in the human population, and cause chronic infections. However, the evolutionary dynamics of AVs within single hosts is currently unknown, and it is unclear whether these changes have an implication on the long-term persistence of AVs in the host. Here, we assessed the evolutionary dynamics of six AV lineages during 30 years of chronic infection at single host resolution. The total number of substitutions and the number of variable sites increased over time. However, not all substitutions reached population fixation, showing that AV lineages form heterogeneous swarms within the host. Most substitutions occurred within a hypervariable region (HVR) located between nucleotide positions 800 and 1,300 of ORF1, which is known to be located within the spike domain. Different regions of the ORF1 gene undergo either positive or negative selection pressure. Sites under strong diversifying selection pressure were detected in the HVR, while the majority of the sites under purifying selection were detected outside this region. The HVR may play the role of an immunological decoy that prevents antibodies from binding to more vulnerable parts of ORF1. Moreover, the frequent substitutions in this region may increase the chances of AV particles escaping immune recognition.