初期ペプチドのN末端での脱落除去とIF3、EF-G、およびRRFによるその調節

原核生物の翻訳開始では、IF3はmRNAのイニシエーターコドンとFMET-TRNAINIのアンチコドン間の相互作用を認識し、FMET-TRNAINIをアクティブな位置に再配置します。ここでは、IF3の好みについて328コドンアンチョドンの組み合わせを調査しました。コドンの1 baseと2 baseでは、ワトソンとクリックのベースペアのみが許容されます。3 baseでは、より強力な塩基対、ワトソン - クリックはより好まれていますが、他のタイプの塩基対です。g/u wobbleも容認されています。より弱い塩基ペアはIF3によって除外されます。コドン・依存症の組み合わせがIF3またはIF3の濃度がコドン・依存症の組み合わせを認識できないほど低すぎる場合、IF3はP-Site FMET-TRNAINIのアクティブ位置に設定できず、リボソームからのドロップオフを引き起こします。これにより、A部位の2番目のアミノアシルTRNAから翻訳の再ライテーションが発生し、N末端FMETを欠く切り捨てられたペプチドを生成します。このイベントをN末端のドロップオフ再発生と呼びます。また、EF-GとRRFは、不活性なFMET-TRNAINIを持つこのような異常なリボソーム複合体の分解に関与していることを示しました。オフライニット。

In translation initiation in prokaryotes, IF3 recognizes the interaction between initiator codon of mRNA and anticodon of fMet-tRNAini and then relocates the fMet-tRNAini to an active position. Here we have surveyed 328 codon-anticodon combinations for the preference of IF3. At the first and second base of codon, only Watson-Crick base pairs are tolerated. At the third base, stronger base pairs, e.g. Watson-Crick, are more preferred, but other types of base pairs, e.g. G/U wobble, are also tolerated; Weaker base pairs are excluded by IF3. When the codon-anticodon combinations are unfavorable for IF3 or the concentration of IF3 is too low to recognize any codon-anticodon combinations, IF3 fails to set the P-site fMet-tRNAini at the active position and causes its drop-off from the ribosome. Thereby, translation reinitiation occurs from the second aminoacyl-tRNA at the A site to yield a truncated peptide lacking the N-terminal fMet. We refer to this event as the N-terminal drop-off-reinitiation. We also showed that EF-G and RRF are involved in disassembling such an aberrant ribosome complex bearing inactive fMet-tRNAini Thereby EF-G and RRF are able to exclude unfavorable codon-anticodon combinations with weaker base pairs and alleviate the N-terminal drop-off-reinitiation.