Panno：臨床ゲノム検査のための薬理ゲノミクス注釈ツール

はじめに：次世代シーケンス（NGS）技術は、薬物反応表現型の臨床ゲノム検査で広く使用されています。ただし、短い読み取りの固有の制限により、ディプター型の正確な推論が依然として困難になり、遺伝子型誘導薬物療法の有効性が低下する可能性があります。方法：自動化された薬理ゲノミクスアノテーションツール（PANNO）が実装されました。これは、NGSおよび個人が属する母集団からのGermlineバリアントコール形式（VCF）ファイルを解析することにより、推奨事項と表現型の処方と表現型を報告します。結果：対立遺伝子（ハプロタイプ）の定義と人口対立遺伝子の頻度に基づいて開発されたディプター型の推測に特化したランキングモデルがPannoで導入されました。予測パフォーマンスは、遺伝子検査参照材料調整プログラム（GET-RM）のコンセンサスディプタータイプデータをグラウンドトゥルースとして使用して、4つの同様のツールと比較して検証されました。処方の推奨事項を要約し、薬物を使用しないように避け、慎重に使用し、日常的に使用するように薬物を分類するための注釈方法が提案されました。、薬理ゲノミクスの知識ベース（PharmGKB）における高分率の臨床注釈を統合することにより、投与量、有効性、および代謝。Pannoはhttps://github.com/premedkb/pannoで入手できます。議論：Pannoは、生殖細胞系のバリアントを解決、注釈、および報告することにより、エンドツーエンドの臨床薬理ゲノミクスの決定支援ソリューションを提供します。

Introduction: Next-generation sequencing (NGS) technologies have been widely used in clinical genomic testing for drug response phenotypes. However, the inherent limitations of short reads make accurate inference of diplotypes still challenging, which may reduce the effectiveness of genotype-guided drug therapy. Methods: An automated Pharmacogenomics Annotation tool (PAnno) was implemented, which reports prescribing recommendations and phenotypes by parsing the germline variant call format (VCF) file from NGS and the population to which the individual belongs. Results: A ranking model dedicated to inferring diplotypes, developed based on the allele (haplotype) definition and population allele frequency, was introduced in PAnno. The predictive performance was validated in comparison with four similar tools using the consensus diplotype data of the Genetic Testing Reference Materials Coordination Program (GeT-RM) as ground truth. An annotation method was proposed to summarize prescribing recommendations and classify drugs into avoid use, use with caution, and routine use, following the recommendations of the Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC), etc. It further predicts phenotypes of specific drugs in terms of toxicity, dosage, efficacy, and metabolism by integrating the high-confidence clinical annotations in the Pharmacogenomics Knowledgebase (PharmGKB). PAnno is available at https://github.com/PreMedKB/PAnno. Discussion: PAnno provides an end-to-end clinical pharmacogenomics decision support solution by resolving, annotating, and reporting germline variants.