送信と学校の発生を理解するためのSARS-COV-2ゲノムシーケンスの有用性

目的：学校での重度の急性呼吸症候群コロナウイルス-2（SARS-COV-2）伝播の理解が重要です。疫学情報だけを使用して、学校に関連する事例がコミュニティからの複数の紹介を表しているか、学校内の伝送を表すかどうかを判断することは、しばしば困難です。複数の学校での全ゲノムシーケンス（WGS）の使用について説明して、オミクロン以前のSARS-COV-2の発生を調査します。 研究デザイン：既知の疫学的リンクのない複数のケースに基づいて、地元の公衆衛生単位によるシーケンスのために学校の発生が特定されました。オンタリオ州の4つの学校の発生からの学生とスタッフのSARS-COV-2の症例は、WGSと系統解析を受けました。疫学的臨床コホートデータとゲノムクラスターデータは、これらの発生をさらに特徴付けるのに役立つように説明されています。 結果：4つの学校の発生からの生徒とスタッフの間で合計132の陽性SARS-COV-2症例が特定され、65（49％）の症例が高品質のゲノムデータでシーケンスできるようになりました。4つの学校の発生は、53、37、21、21の肯定的な症例で構成されていました。各発生の中に、8〜28の異なる臨床コホートが特定されました。シーケンスされた症例の中で、異なる株として定義された3〜7の遺伝的クラスターが、各発生で特定されました。いくつかの臨床コホート内で遺伝的に異なるウイルスを見つけました。 結論：WGSは、公衆衛生調査とともに、学校内のSARS-Cov-2の伝達を調査するための有用なツールです。その早期使用は、伝播がいつ発生したかをよりよく理解する可能性があり、緩和介入がどれだけうまく機能しているかを評価するのに役立ち、複数の遺伝子クラスターが特定されたときに不必要な学校の閉鎖を減らす可能性があります。

OBJECTIVE: An understanding of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) transmission in schools is important. It is often difficult, using epidemiological information alone, to determine whether cases associated with schools represent multiple introductions from the community or transmission within the school. We describe the use of whole genome sequencing (WGS) in multiple schools to investigate outbreaks of SARS-CoV-2 in the pre-Omicron period. STUDY DESIGN: School outbreaks were identified for sequencing by local public health units based on multiple cases without known epidemiological links. Cases of SARS-CoV-2 from students and staff from 4 school outbreaks in Ontario underwent WGS and phylogenetic analysis. The epidemiological clinical cohort data and genomic cluster data are described to help further characterize these outbreaks. RESULTS: A total of 132 positive SARS-CoV-2 cases among students and staff from 4 school outbreaks were identified with 65 (49%) of cases able to be sequenced with high-quality genomic data. The 4 school outbreaks consisted of 53, 37, 21 and 21 positive cases; within each outbreak there were between 8 and 28 different clinical cohorts identified. Among the sequenced cases, between 3 and 7 genetic clusters, defined as different strains, were identified in each outbreak. We found genetically different viruses within several clinical cohorts. CONCLUSIONS: WGS, together with public health investigation, is a useful tool to investigate SARS-CoV-2 transmission within schools. Its early use has the potential to better understand when transmission may have occurred, can aid in evaluating how well mitigation interventions are working and has the potential to reduce unnecessary school closures when multiple genetic clusters are identified.