解像度でのA-DNAフラグメントの結晶構造分析：D（gcccgggc）

セルフレミメンタリーのオクタデオキシリボヌクレオチドD（GCCCGGGC）の単結晶は、1.8 Aの解像度でX線回折法によって分析されました。宇宙グループP4（3）2（1）2の四角ユニットセルはA = 43.25の寸法を持っています。aおよびc = 24.61 aで、8鎖のオリゴヌクレオチドが含まれています。この構造は、1359 3 Sigma構造因子の観測を使用して、標準的な結晶学的手法によって17.1％のR因子に洗練されました。オリゴヌクレオチドの2つの鎖は、結晶学的二軸に関連しており、AコンフォメーションにDNAヘリックスを形成します。D（gcccggggc）ヘリックスは、広く開いたメジャーグルーブ、ヘリックス軸への塩基ペアのほぼ垂直方向、および31.3度の異常に小さな平均ヘリックスツイスト角度によって特徴付けられ、ターンあたり11.5塩基ペアがあるわずかに波打つヘリックスを示します。中央のシトシン - グアニンステップでのグアニン塩基間の広範な交差鎖スタッキングは、中央のグアノシンヌクレオチドの完全拡張糖リン酸骨骨を含む多くの局所立体構造調整によって可能になります。

Single crystals of the self-complementary octadeoxyribonucleotide d(GCCCGGGC) have been analysed by X-ray diffraction methods at a resolution of 1.8 A. The tetragonal unit cell of space group P4(3)2(1)2 has dimensions of a = 43.25 A and c = 24.61 A and contains eight strands of the oligonucleotide. The structure was refined by standard crystallographic techniques to an R factor of 17.1% using 1359 3 sigma structure factor observations. Two strands of the oligonucleotide are related by the crystallographic dyad axis to form a DNA helix in the A conformation. The d(GCCCGGGC) helix is characterized by a wide open major groove, a near perpendicular orientation of base pairs to the helix axis and an unusually small average helix twist angle of 31.3 degrees indicating a slightly underwound helix with 11.5 base pairs per turn. Extensive cross-strand stacking between guanine bases at the central cytosine-guanine step is made possible by a number of local conformational adjustments including a fully extended sugar-phosphate backbone of the central guanosine nucleotide.