染色体レベルのゲノムアセンブリの改善とヒョウのサンゴハタの再発言

Leopard Coral Higherとして知られているPlectropomus leopardusは、徐々に人為的に飼育された貴重な海洋魚です。将来の保全、分子育種、および比較研究を促進するために、ナノポアの長い読み取り、イルミナショートリード、およびHI-Cシーケンスデータを使用して、ヒョウサンゴハタの高品質染色体レベルのゲノムアセンブリを改善しました。ドラフトゲノムは849.74 MBで、45のコンティグ、35.59 MBのN50です。最後に、Contigシーケンスの99.6％に対応する合計846.49 MBは、Hi-Cテクノロジーを使用して24の偽染色体に固定されました。25,965個の遺伝子の最終セットには、予測された遺伝子モデルの手動キュレーション後に注釈が付けられ、BUSCO分析により99.5％の完全性スコアが得られました。この研究は、ハタのゲノムの有用性を大幅に改善し、この種の分子繁殖、ゲノミクス、生物学の研究の参照を提供しました。

Plectropomus leopardus, as known as leopard coral grouper, is a valuable marine fish that has gradually been bred artificially. To promote future conservation, molecular breeding, and comparative studies, we generated an improved high-quality chromosomal-level genome assembly of leopard coral grouper using Nanopore long-reads, Illumina short reads, and the Hi-C sequencing data. The draft genome is 849.74 Mb with 45 contigs and N50 of 35.59 Mb. Finally, a total of 846.49 Mb corresponding to 99.6% of the contig sequences was anchored to 24 pseudo-chromosomes using Hi-C technology. A final set of 25,965 genes is annotated after manual curation of the predicted gene models, and BUSCO analysis yielded a completeness score of 99.5%. This study significantly improves the utility of the grouper genome and provided a reference for the study of molecular breeding, genomics and biology in this species.