Plantltrdb：195の植物種LTR-RETROTRANSPOSONSのインタラクティブデータベース

LTR-レトロトランスポゾン（LTR-RTS）は、RNA中間体を介して複製し、ゲノム構造を変化させる転位元素の大きなグループです。植物ゲノムにおけるLTR-RTSの活性は、ゲノムの進化と遺伝子機能に関する有益な情報を提供します。遺伝子の近くまたは内部のLTR-RTは、遺伝子機能を直接変化させる可能性があります。この作業では、195種類の植物種の無傷のLTR-RTデータベースであるPlantltrdbを紹介します。相同性およびde novo構造ベースの方法を使用して、3,079,469個の擬似分子/足場を表す合計150.18 Gbpを分析して、LTR-RTを特定、特徴付け、注釈を付け、挿入を推定し、挿入を推定し、LTR-RT-geneキメラを検出し、近くのジェネーズを決定しました。したがって、29,462の自律型および490,732の非自律LTR-RTSを含む520,194の無傷のLTR-RTが発見されました。自律LTR-RTSには10,286のジプシーと19,176のコピアが含まれていましたが、非自動は224,906ジプシー、218,414コピア、1,768のベア-2、3,147 TR-GAG、4,2497不明に分割されました。遺伝子内にある同定されたLTR-RTSの分析により、合計36,236のLTR-RTがLTR-RT-Geneキメラであり、11,619 LTR-RTが擬似遺伝子内であることが示されました。さらに、50,026個の遺伝子がLTR-RTSの1 kbp以内であり、250,587はLTR-RTSから1〜10 kbpの距離でした。Plantltrdbを使用すると、研究者は植物のLTR-RTを検索、視覚化、爆発、分析できます。Plantltrdbは、分子植物繁殖のための構造変動、ゲノム組織、機能的ゲノミクス、およびLTR-RT標的マーカーの開発の理解に貢献できます。Plantltrdbはhttps://bioinformatics.um6p.ma/plantltrdbで入手できます。

LTR-retrotransposons (LTR-RTs) are a large group of transposable elements that replicate through an RNA intermediate and alter genome structure. The activities of LTR-RTs in plant genomes provide helpful information about genome evolution and gene function. LTR-RTs near or within genes can directly alter gene function. This work introduces PlantLTRdb, an intact LTR-RT database for 195 plant species. Using homology- and de novo structure-based methods, a total of 150.18 Gbp representing 3,079,469 pseudomolecules/scaffolds were analyzed to identify, characterize, annotate LTR-RTs, estimate insertion ages, detect LTR-RT-gene chimeras, and determine nearby genes. Accordingly, 520,194 intact LTR-RTs were discovered, including 29,462 autonomous and 490,732 nonautonomous LTR-RTs. The autonomous LTR-RTs included 10,286 Gypsy and 19,176 Copia, while the nonautonomous were divided into 224,906 Gypsy, 218,414 Copia, 1,768 BARE-2, 3,147 TR-GAG and 4,2497 unknown. Analysis of the identified LTR-RTs located within genes showed that a total of 36,236 LTR-RTs were LTR-RT-gene chimeras and 11,619 LTR-RTs were within pseudo-genes. In addition, 50,026 genes are within 1 kbp of LTR-RTs, and 250,587 had a distance of 1 to 10 kbp from LTR-RTs. PlantLTRdb allows researchers to search, visualize, BLAST and analyze plant LTR-RTs. PlantLTRdb can contribute to the understanding of structural variations, genome organization, functional genomics, and the development of LTR-RT target markers for molecular plant breeding. PlantLTRdb is available at https://bioinformatics.um6p.ma/PlantLTRdb.