ハイスループットトランスポゾン変異誘発（HTTM）を使用した低コストで堅牢な本質研究を可能にする

トランスポゾン挿入シーケンス（TIS）メソッド高密度トランスポゾン変異誘発と次世代シーケンスを結合し、一般的に細菌の必須または重要な遺伝子を特定するために使用されます。ただし、このアプローチは、選択されたプロトコルに応じて、作業集中的であり、時には高価になる場合があります。標準のTISプロトコルを使用して多数のサンプルを並行して処理するのが難しいため、多くの場合、実行できる複製の数を制限し、さまざまな株または成長条件で遺伝子の本質を研究する大規模プロジェクトへのこの手法の展開を制限します。ここでは、堅牢で安価なハイスループットトランスポゾン変異誘発（HTTM）プロトコルの開発を報告し、Keioコレクションの親株であるEscherichia coli株BW25113を使用してメソッドを検証します。HTTMは、印象的な再現性（スピアマン相関係数> 0.94）に加えて、平均1つのトランスポゾンで高い挿入密度を確実に提供します。詳細なプロトコルはprotocol.ioで入手でき、グラフィカルバージョンもこの記事に含まれています。

Transposon-insertion sequencing (TIS) methods couple high density transposon mutagenesis with next-generation sequencing and are commonly used to identify essential or important genes in bacteria. However, this approach can be work-intensive and sometimes expensive depending on the selected protocol. The difficulty to process a high number of samples in parallel using standard TIS protocols often restricts the number of replicates that can be performed and limits the deployment of this technique to large-scale projects studying gene essentiality in various strains or growth conditions. Here, we report the development of a robust and inexpensive High-Throughput Transposon Mutagenesis (HTTM) protocol and validate the method using Escherichia coli strain BW25113, the parental strain of the KEIO collection. HTTM reliably provides high insertion densities with an average of one transposon every ≤20bp along with impressive reproducibility (Spearman correlation coefficients >0.94). A detailed protocol is available at protocol.io and a graphical version is also included with this article.