大規模なハイブリダイゼーションのコンテキストで、全ゲノムデータから東のオオカミの起源を追跡する

サウスイースタンカナダには、オオカミのようなカニドをハイブリダイズするアマルガムが住んでおり、分類、起源、ハイブリダイゼーションイベントのタイミングに関する基本的な疑問を提起しています。特にイースタンオオカミ（カニスライカオン）は、重大な論争の対象となっており、保全の懸念の明確な分類学的存在または最近のコヨーテ（C.ラトラン）と灰色のオオカミ（C. lupus）のいずれかと見なされています。ミトコンドリアDNA分析は、東部のオオカミが北米の進化した犬であるといういくつかの証拠を示しています。対照的に、核ゲノム研究は、東部オオカミがハイブリッドエンティティとして最もよく説明されていることを示していますが、ハイブリダイゼーションイベントのタイミングは不明です。これらの競合する調査結果に関連する仮説をテストするために、25人の個人のゲノム全体を配列決定しました。これは、現存するカナダのオオカミのようなCanidタイプの既知の起源と現代のハイブリダイゼーションのレベルを代表しています。ここでは、イースタンオオカミを、過去67、000年間灰色のオオカミとは別に進化し、約37、000年前のコヨーテとの混合イベントで進化した明確な分類エンティティとして説明するデータを提示します。五大湖のオオカミは、最後の氷河期（約8、000年前）の後、灰色のオオカミと東部オオカミの間の混合物の産物として生まれたことを示していますが、東コヨーテは、前世紀に「西」コヨーテと東部オオカミの間の混合物の産物として生まれました。東部のオオカミの核ゲノムは、灰色のオオカミとコヨーテを備えた歴史的および現代的な遺伝子の流れによって形作られているように見えますが、現在カナダ南東部の制限された範囲に生息している東部のオオカミの間には進化的な独自性が残っています。

Southeastern Canada is inhabited by an amalgam of hybridizing wolf-like canids, raising fundamental questions regarding their taxonomy, origins, and timing of hybridization events. Eastern wolves (Canis lycaon), specifically, have been the subject of significant controversy, being viewed as either a distinct taxonomic entity of conservation concern or a recent hybrid of coyotes (C. latrans) and grey wolves (C. lupus). Mitochondrial DNA analyses show some evidence of eastern wolves being North American evolved canids. In contrast, nuclear genome studies indicate eastern wolves are best described as a hybrid entity, but with unclear timing of hybridization events. To test hypotheses related to these competing findings we sequenced whole genomes of 25 individuals, representative of extant Canadian wolf-like canid types of known origin and levels of contemporary hybridization. Here we present data describing eastern wolves as a distinct taxonomic entity that evolved separately from grey wolves for the past ∼67,000 years with an admixture event with coyotes ∼37,000 years ago. We show that Great Lakes wolves originated as a product of admixture between grey wolves and eastern wolves after the last glaciation (∼8,000 years ago) while eastern coyotes originated as a product of admixture between "western" coyotes and eastern wolves during the last century. Eastern wolf nuclear genomes appear shaped by historical and contemporary gene flow with grey wolves and coyotes, yet evolutionary uniqueness remains among eastern wolves currently inhabiting a restricted range in southeastern Canada.