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廃水ベースの疫学（WBE）は、コミュニティのCOVID-19有病率を効率的に監視するための有望なツールです。WBEコミュニティの監視には、ウイルスRNA検出プロセスの自動化が理想的です。本研究では、以前に確立された方法のほぼ自動式であるコップマン（廃水中の核酸を検出するために磁気ビーズを使用した凝固とタンパク質分解法）を達成し、次に半分の廃水中のSARS-COV-2を検出するために適用されました。年。自動化ラインでは、Maholo Labdroidと自動パイプティングデバイスを使用して、週に576サンプルのハイスループットサンプル処理機能を実現しました。SARS-COV-2 RNAは、2021年11月1日から2022年5月24日までに日本の佐賀川流域の2つの廃水処理プラントから収集されたサンプルを使用して、自動化されたコップマンとともに定量化されました。住民100,000人あたり130.3。自動化されたCOPMANは、最大2.8×105コピー/Lの濃度で132サンプルのうち81個からSARS-COV-2 RNAを検出しました。これらの濃度は、ピアソンとスピアマンの相互相関分析によって決定されるように、その後報告された臨床症例（5〜13日後）との直接的な相関を示しました。結果を比較するために、以前に報告された検出方法であるソリッドの感度が向上した効率的かつ実用的なウイルス識別システム）でテストを実施しました（効率的かつ実用的なウイルス識別システム、Ando et al。、2022）。SARS-COV-2 RNAは、スピアマンの方法を使用した場合にのみ、臨床症例と相関しているエピソンSで検出されました。私たちの自動化されたコップマンは、ウイルスRNAのタイムリーかつ大規模な監視のための効率的な方法であることが示されており、WBEがコミュニティの監視に適しています。
廃水ベースの疫学（WBE）は、コミュニティのCOVID-19有病率を効率的に監視するための有望なツールです。WBEコミュニティの監視には、ウイルスRNA検出プロセスの自動化が理想的です。本研究では、以前に確立された方法のほぼ自動式であるコップマン（廃水中の核酸を検出するために磁気ビーズを使用した凝固とタンパク質分解法）を達成し、次に半分の廃水中のSARS-COV-2を検出するために適用されました。年。自動化ラインでは、Maholo Labdroidと自動パイプティングデバイスを使用して、週に576サンプルのハイスループットサンプル処理機能を実現しました。SARS-COV-2 RNAは、2021年11月1日から2022年5月24日までに日本の佐賀川流域の2つの廃水処理プラントから収集されたサンプルを使用して、自動化されたコップマンとともに定量化されました。住民100,000人あたり130.3。自動化されたCOPMANは、最大2.8×105コピー/Lの濃度で132サンプルのうち81個からSARS-COV-2 RNAを検出しました。これらの濃度は、ピアソンとスピアマンの相互相関分析によって決定されるように、その後報告された臨床症例（5〜13日後）との直接的な相関を示しました。結果を比較するために、以前に報告された検出方法であるソリッドの感度が向上した効率的かつ実用的なウイルス識別システム）でテストを実施しました（効率的かつ実用的なウイルス識別システム、Ando et al。、2022）。SARS-COV-2 RNAは、スピアマンの方法を使用した場合にのみ、臨床症例と相関しているエピソンSで検出されました。私たちの自動化されたコップマンは、ウイルスRNAのタイムリーかつ大規模な監視のための効率的な方法であることが示されており、WBEがコミュニティの監視に適しています。
Wastewater-based epidemiology (WBE) is a promising tool to efficiently monitor COVID-19 prevalence in a community. For WBE community surveillance, automation of the viral RNA detection process is ideal. In the present study, we achieved near full-automation of a previously established method, COPMAN (COagulation and Proteolysis method using MAgnetic beads for detection of Nucleic acids in wastewater), which was then applied to detect SARS-CoV-2 in wastewater for half a year. The automation line employed the Maholo LabDroid and an automated-pipetting device to achieve a high-throughput sample-processing capability of 576 samples per week. SARS-CoV-2 RNA was quantified with the automated COPMAN using samples collected from two wastewater treatment plants in the Sagami River basin in Japan between 1 November 2021 and 24 May 2022, when the numbers of daily reported COVID-19 cases ranged from 0 to 130.3 per 100,000 inhabitants. The automated COPMAN detected SARS-CoV-2 RNA from 81 out of 132 samples at concentrations of up to 2.8 × 105 copies/L. These concentrations showed direct correlations with subsequently reported clinical cases (5-13 days later), as determined by Pearson's and Spearman's cross-correlation analyses. To compare the results, we also conducted testing with the EPISENS-S (Efficient and Practical virus Identification System with ENhanced Sensitivity for Solids, Ando et al., 2022), a previously reported detection method. SARS-CoV-2 RNA detected with EPISENS-S correlated with clinical cases only when using Spearman's method. Our automated COPMAN was shown to be an efficient method for timely and large-scale monitoring of viral RNA, making WBE more feasible for community surveillance.
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