KSAK：アライメントのない系統発生のためのハイスループットツール

系統学的ツールは、進化的関係の研究の基本です。この論文では、整列のない系統解析のための新しいハイスループットツールであるKSAKを提示します。KSAKは、7つの広く受け入れられているK-MERベースの距離測定値を使用して、分子配列間のペアワイズ距離マトリックスを計算します。距離マトリックスに基づいて、KSAKは標準アルゴリズムを使用して系統樹を構築します。Golden Standard 16S RRNAデータセットでベンチマークされた場合、KSAKは5つのツールすべての中で最も正確なツールであることがわかりました。とりわけ、KSAKはClustAlw2の数十から数百倍速いため、大規模な複数のシーケンスアライメントで現在発生している計算制限を排除するのに役立ちます。KSAKはhttps://github.com/labxscut/ksakで無料で入手できます。

Phylogenetic tools are fundamental to the studies of evolutionary relationships. In this paper, we present Ksak, a novel high-throughput tool for alignment-free phylogenetic analysis. Ksak computes the pairwise distance matrix between molecular sequences, using seven widely accepted k-mer based distance measures. Based on the distance matrix, Ksak constructs the phylogenetic tree with standard algorithms. When benchmarked with a golden standard 16S rRNA dataset, Ksak was found to be the most accurate tool among all five tools compared and was 19% more accurate than ClustalW2, a high-accuracy multiple sequence aligner. Above all, Ksak was tens to hundreds of times faster than ClustalW2, which helps eliminate the computation limit currently encountered in large-scale multiple sequence alignment. Ksak is freely available at https://github.com/labxscut/ksak.