良性および悪性膵臓病患者の胆汁の微生物膜プロファイル

背景：膵臓菌の悪性腫瘍における胆管微生物叢の予後および病態生理学的意義はほとんど理解されていません。私たちの目標は、良性および悪性膵臓病患者から採取された胆汁サンプルで、悪性関連微生物膜指紋を見つけることでした。 方法：胆汁標本は、日常的な内視鏡逆行性胆管透過造影中に同意する患者から収集されました。パワーウイルスRNA/DNA分離キットを使用して、胆汁標本からDNAを抽出しました。イルミナ16Sメタゲノムシーケンスライブラリ準備ガイドを使用して、細菌16S rRNA遺伝子を増幅し、ライブラリを作成しました。QIIME（微生物生態学に関する定量的洞察）、バイオコンダクターPhyloseq、微生物菌、およびMIXMCパッケージを使用して、シーケンス後の分析に使用しました。 結果：46人の登録患者のうち、32人の患者が膵臓癌、6人が胆管癌、1人が胆嚢癌を患っていました。残りの患者は、胆石を含む良性疾患、急性および慢性膵炎を患っていました。MIXMCで多変量アプローチを使用して、運用分類単位（OTU）を分類しました。これを行うと、私たちは属（p = 0.00008）、[eubacterium] halliiグループ（p = 0.0004）、バクテロイデス（p = 0.0006）、faecalibacterium（p = 0.006）、scherichia-shigella（p = 0.008）の優勢を発見しました。および良性疾患と比較した膵臓ビリ癌の胆汁サンプルにおけるRuminococcus 1（p = 0.008）。さらに、膵臓癌患者の胆汁サンプルは、胆管癌患者の胆汁サンプルと比較して、胆管癌患者の胆汁サンプルと比較して、ロシア属（p = 0.008）の優位性を示しました。0.031）膵臓癌のあるものと比較して。 結論：良性および悪性の膵臓病の両方の疾患は、明確な微生物膜指紋を持っています。胆汁サンプルにおけるOTUの相対的な存在量は、良性および悪性膵臓病患者の間、ならびに胆管癌と膵臓癌の間で異なります。私たちのデータは、これらのOTUが発がんに役割を果たすか、良性疾患特異的微小環境変化が癌固有の微小環境の変化とは異なることを示唆しており、OTUクラスターの明確な分離をもたらします。調査結果を確認および拡大するために、さらに調査が必要です。

BACKGROUND: The prognostic and pathophysiologic significance of the biliary microbiota in pancreaticobiliary malignancies is little understood. Our goal was to find malignancy-related microbiomic fingerprints in bile samples taken from patients with benign and malignant pancreaticobiliary diseases. METHODS: Bile specimens were collected from consenting patients during routine endoscopic retrograde cholangiopancreatography. We used PowerViral RNA/DNA Isolation kit to extract DNA from bile specimens. The Illumina 16S Metagenomic Sequencing Library Preparation guide was used to amplify the bacterial 16S rRNA gene and create libraries. QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology), Bioconductor phyloseq, microbiomeSeq, and mixMC packages were used for post-sequencing analysis. RESULTS: Of 46 enrolled patients, 32 patients had pancreatic cancers, 6 had cholangiocarcinoma and 1 had gallbladder cancer. Rest of the patients had benign diseases including gallstones, and acute and chronic pancreatitis. We used multivariate approach in mixMC to classify Operational Taxonomic Units (OTUs). Doing this, we found a predominance of genera Dickeya (p = 0.00008), [Eubacterium] hallii group (p = 0.0004), Bacteroides (p = 0.0006), Faecalibacterium (p = 0.006), Escherichia-Shigella (p = 0.008), and Ruminococcus 1 (p = 0.008) in bile samples from pancreaticobiliary cancers as compared to benign diseases. Additionally, bile samples from patients with pancreatic cancer exhibited a predominance of genus Rothia (p = 0.008) as compared to those with cholangiocarcinoma, whereas bile samples from patients with cholangiocarcinoma exhibited a predominance of genera Akkermansia (p = 0.031) and Achromobacter (p = 0.031) as compared to those with pancreatic cancers. CONCLUSIONS: Both benign and malignant pancreaticobiliary diseases have distinct microbiomic fingerprints. The relative abundance of OTUs in bile samples varies between patients with benign and malignant pancreaticobiliary diseases, as well as between cholangiocarcinoma and pancreatic cancer. Our data suggest that either these OTUs play a role in carcinogenesis or that benign disease-specific microenvironmental changes differ from cancer-specific microenvironmental changes, resulting to a clear separation of OTU clusters. We need more research to confirm and expand on our findings.