いくつかのコリファージおよびプラスミドDNAのプロモーターとの大腸菌RNAポリメラーゼとの相互作用

大腸菌RNAポリメラーゼ（ヌクレオシド酸トリホリン酸：RNAヌクレオチジルトランスフェラーゼ、EC 2.7.7.6）とさまざまな大腸菌関連DNAから得られた制限断片との相互作用がin vitroで研究されました。調査されたDNAには、いくつかのコリファージゲノム（T5、ラムダ、T7、FD）およびプラスミドDNA（PML 21、PSC101）が含まれていました。酵素DNA複合体のニトロセルロースフィルター結合を使用することにより、複雑な形成の断片特異的相対速度と複雑な安定性が決定されました。ポリメラーゼ結合のプロモーター特異的相対速度は、いくつかのDNA内のRNAポリメラーゼの主要な結合部位の数を考慮することにより、フラグメント固有の速度から導出されました。いくつかの主要な結合部位と酵素の間に形成された複合体の安定性の推定値は、複雑な減衰速度を研究することにより得られました。両方の特性（複雑な形成と減衰速度の定額）は、互いに広く独立して分割されています。大腸菌RNAポリメラーゼと最も効率的に反応するプロモーターは、Coliphage T5の初期領域で発見されましたが、PML 21の一部のプロモーター、またはラムダプロモーターPIは、酵素を最もゆっくり結合するシグナルに属します。大腸菌RNAポリメラーゼとファージFDのプロモーターと相互作用するために決定された2次速度定数に基づいて、これまでに特徴付けられた最速のプロモーターは、10（8）M-1S-1程度の速度と反応しました。ここで確立されたプロモーターの階層は、プロモーター強度がポリメラーゼ結合の速度と相関するという観点から関心があります。ここで研究したプロモーターのうち、このレートは2桁の範囲に及びます。

The interaction of Escherichia coli RNA polymerase (nucleosidetriphosphate:RNA nucleotidyltransferase, EC 2.7.7.6) with restriction fragments obtained from various E. coli related DNAs was studied in vitro. The DNAs investigated included several coliphage genomes (T5, lambda, T7, fd) and plasmid DNAs (pML 21, pSC101). By using the nitrocellulose filter binding of the enzyme-DNA complexes, fragment-specific relative rates of complex formation as well as complex stabilities were determined. Promoter-specific relative rates of polymerase binding were derived from fragment-specific rates by taking into account the number of major binding sites for RNA polymerase within several DNAs. Estimates of the stability of complexes formed between some major binding sites and the enzyme were obtained by studying the rate of complex decay. Both characteristics--rate of complex formation and rate of decay--varied widely and independently of each other. The promoters reacting most efficiently with E. coli RNA polymerase were found in the early region of coliphage T5 whereas some promoters in pML 21, or for example, the lambda promoter PI, belong to signals binding the enzyme most slowly. Based on the second-order rate constant determined for the interaction of E. coli RNA polymerase with promoters of phage fd, the fastest promoters characterized so far reacted with rates in the order of 10(8) M-1s-1. The hierarchy of promoters established here is of interest from the viewpoint that promoter strength correlates with the rate of polymerase binding. Among the promoters studied here this rate spans a range of 2 orders of magnitude.