Canisonet：疾患におけるアイソフォームスイッチングイベントの機能的影響を調査するためのデータベース

動機：代替のスプライシングは、正常な哺乳類細胞における本質的な調節メカニズムとして、癌や他の疾患でしばしば乱れます。最も支配的な代替アイソフォームの発現のスイッチは、関連する遺伝子のタンパク質相互作用ネットワークを変化させる可能性があります。ここでは、疾患のイソフォームスイッチングイベントを表示、閲覧、検索するデータベースであるCanisonetを提示します。Canisonetは、さまざまな疾患におけるアイソフォームスイッチングイベントの病原性の影響を予測するために、文字列相互作用ネットワークとClinvarアノテーションを備えたアイソフォーム発現データを組み込んだ最初のWebサーバーです。 結果：Canisonetのデータは、病気によって閲覧するか、注釈が豊富なデータテーブルで遺伝子またはアイソフォームで検索することができます。11の811アイソフォームと14の357 31の異なる疾患タイプにわたるユニークなアイソフォームスイッチングイベントのさまざまな注釈が利用可能です。各疾患特異的アイソフォームのネットワーク密度スコア、破壊された相互作用のPFAMドメインID、転写産物のドメイン構造視覚化、および各サンプルの切り替え済みアイソフォームの発現データが与えられます。さらに、Clinvarで注釈された遺伝子は、インタラクティブな相互作用ネットワークで強調されています。 可用性と実装：Canisonetはhttps://www.caniso.netで無料で入手できます。ソースコードは、https://github.com/kahramanlab/canisonet_webの創造的な共通ライセンスの下で見つけることができます。 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスAdvances Onlineで入手できます。

MOTIVATION: Alternative splicing, as an essential regulatory mechanism in normal mammalian cells, is frequently disturbed in cancer and other diseases. Switches in the expression of most dominant alternative isoforms can alter protein interaction networks of associated genes giving rise to disease and disease progression. Here, we present CanIsoNet, a database to view, browse and search isoform switching events in diseases. CanIsoNet is the first webserver that incorporates isoform expression data with STRING interaction networks and ClinVar annotations to predict the pathogenic impact of isoform switching events in various diseases. RESULTS: Data in CanIsoNet can be browsed by disease or searched by genes or isoforms in annotation-rich data tables. Various annotations for 11 811 isoforms and 14 357 unique isoform switching events across 31 different disease types are available. The network density score for each disease-specific isoform, PFAM domain IDs of disrupted interactions, domain structure visualization of transcripts and expression data of switched isoforms for each sample is given. Additionally, the genes annotated in ClinVar are highlighted in interactive interaction networks. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: CanIsoNet is freely available at https://www.caniso.net. The source codes can be found under a Creative Common License at https://github.com/kahramanlab/CanIsoNet_Web. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics Advances online.