Matrisome Analyzer：生物間の大きなデータセットでECM分子に注釈を付けて定量化するための一連のツール

非標識：細胞外マトリックス（ECM）は、多細胞生物のすべての組織の足場を形成するタンパク質の複雑なメッシュワークです。それは、生命のあらゆる面で重要な役割を果たしています。開発中の細胞移動の調整から、組織の修復をサポートするまで。また、病気や疾患の進行において重要な役割を果たしています。このコンパートメントを研究するために、複数の生物のECMおよびECM関連タンパク質をコードするすべての遺伝子の大要を定義しました。この大要を「マトリソーム」と呼び、さらに分類されたマトリソーム成分をさまざまな構造的または機能的なカテゴリにしました。この命名法は現在、研究コミュニティによって主にオミクスデータセットに注釈を付けるために採用されており、基本的なECM研究と翻訳ECM研究の両方に貢献しています。ここでは、Webベースのアプリケーション（https://sites.google.com/uic.edu/matrisome/tools/matrisome-analyzer）およびRパッケージ（https：：//github.com/matrisome/matrisomeanalyzer）。Webアプリケーションは、プログラミングの知識を必要とせずに、大きなデータセットでマトリソーム分子を注釈、分類、および集計に関心のある人が使用できます。コンパニオンRパッケージは、より多くの経験豊富なユーザーが利用でき、より大きなデータセットの処理や追加のデータ視覚化オプションに関心があります。 概要ステートメント：Matrisome Analyzerは、大きなデータセットの細胞外マトリックスコンポーネントの注釈と定量化を促進するために設計されたWebベースのアプリやRパッケージなど、一連のツールです。

UNLABELLED: The extracellular matrix (ECM) is a complex meshwork of proteins that forms the scaffold of all tissues in multicellular organisms. It plays critical roles in all aspects of life: from orchestrating cell migration during development, to supporting tissue repair. It also plays critical roles in the etiology or progression of diseases. To study this compartment, we defined the compendium of all genes encoding ECM and ECM-associated proteins for multiple organisms. We termed this compendium the "matrisome" and further classified matrisome components into different structural or functional categories. This nomenclature is now largely adopted by the research community to annotate -omics datasets and has contributed to advance both fundamental and translational ECM research. Here, we report the development of Matrisome AnalyzeR, a suite of tools including a web-based application ( https://sites.google.com/uic.edu/matrisome/tools/matrisome-analyzer ) and an R package ( https://github.com/Matrisome/MatrisomeAnalyzeR ). The web application can be used by anyone interested in annotating, classifying, and tabulating matrisome molecules in large datasets without requiring programming knowledge. The companion R package is available to more experienced users, interested in processing larger datasets or in additional data visualization options. SUMMARY STATEMENT: Matrisome AnalyzeR is a suite of tools, including a web-based app and an R package, designed to facilitate the annotation and quantification of extracellular matrix components in big datasets.