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セクレトームの分析は、細胞間コミュニケーションと特定の組織における細胞の動員と挙動を定義するタンパク質に関する重要な情報を提供します。特に腫瘍の文脈では、Secretomeデータは診断と治療の決定をサポートできます。細胞条件付き培地の質量分析ベースの分析は、in vitroでのがんセレクターの公平な特性評価に広く使用されています。Click化学と組み合わせたアジド含有アミノ酸類似体を使用した代謝標識は、血清の存在下でこのタイプの分析を促進し、血清飢ation誘発効果を防ぎます。ただし、修飾されたアミノ酸類似体は、新しく合成されたタンパク質に効率的に組み込まれていないため、タンパク質の折りたたみを混乱させる可能性があります。トランスクリプトームとプロテオーム分析を組み合わせて、代謝標識の効果を、遺伝子およびタンパク質発現に対するメチオニン類似体アジドホモアラニン（AHA）との影響を詳細に説明します。我々のデータは、セクレトームで検出されたタンパク質の15〜39％が、AHA標識によって誘導される転写産物とタンパク質発現の変化を示したことを明らかにしています。遺伝子オントロジー（GO）分析は、AHAを使用した代謝標識が細胞ストレスとアポトーシス関連の経路の誘導につながり、これがグローバルスケールでのセクレタムの組成にどのように影響するかについての最初の洞察を提供することを示しています。キーメッセージ：アジド含有アミノ酸類似体は、遺伝子発現プロファイルに影響します。アジド含有アミノ酸類似体は細胞プロテオームに影響を与えます。アジドホモアラニン標識は、細胞ストレスとアポトーシス経路を誘導します。Secretomeは、調節不全の発現プロファイルを持つタンパク質で構成されています。
セクレトームの分析は、細胞間コミュニケーションと特定の組織における細胞の動員と挙動を定義するタンパク質に関する重要な情報を提供します。特に腫瘍の文脈では、Secretomeデータは診断と治療の決定をサポートできます。細胞条件付き培地の質量分析ベースの分析は、in vitroでのがんセレクターの公平な特性評価に広く使用されています。Click化学と組み合わせたアジド含有アミノ酸類似体を使用した代謝標識は、血清の存在下でこのタイプの分析を促進し、血清飢ation誘発効果を防ぎます。ただし、修飾されたアミノ酸類似体は、新しく合成されたタンパク質に効率的に組み込まれていないため、タンパク質の折りたたみを混乱させる可能性があります。トランスクリプトームとプロテオーム分析を組み合わせて、代謝標識の効果を、遺伝子およびタンパク質発現に対するメチオニン類似体アジドホモアラニン（AHA）との影響を詳細に説明します。我々のデータは、セクレトームで検出されたタンパク質の15〜39％が、AHA標識によって誘導される転写産物とタンパク質発現の変化を示したことを明らかにしています。遺伝子オントロジー（GO）分析は、AHAを使用した代謝標識が細胞ストレスとアポトーシス関連の経路の誘導につながり、これがグローバルスケールでのセクレタムの組成にどのように影響するかについての最初の洞察を提供することを示しています。キーメッセージ：アジド含有アミノ酸類似体は、遺伝子発現プロファイルに影響します。アジド含有アミノ酸類似体は細胞プロテオームに影響を与えます。アジドホモアラニン標識は、細胞ストレスとアポトーシス経路を誘導します。Secretomeは、調節不全の発現プロファイルを持つタンパク質で構成されています。
The analysis of the secretome provides important information on proteins defining intercellular communication and the recruitment and behavior of cells in specific tissues. Especially in the context of tumors, secretome data can support decisions for diagnosis and therapy. The mass spectrometry-based analysis of cell-conditioned media is widely used for the unbiased characterization of cancer secretomes in vitro. Metabolic labeling using azide-containing amino acid analogs in combination with click chemistry facilitates this type of analysis in the presence of serum, preventing serum starvation-induced effects. The modified amino acid analogs, however, are less efficiently incorporated into newly synthesized proteins and may perturb protein folding. Combining transcriptome and proteome analysis, we elucidate in detail the effects of metabolic labeling with the methionine analog azidohomoalanine (AHA) on gene and protein expression. Our data reveal that 15-39% of the proteins detected in the secretome displayed changes in transcript and protein expression induced by AHA labeling. Gene Ontology (GO) analyses indicate that metabolic labeling using AHA leads to induction of cellular stress and apoptosis-related pathways and provide first insights on how this affects the composition of the secretome on a global scale. KEY MESSAGES: Azide-containing amino acid analogs affect gene expression profiles. Azide-containing amino acid analogs influence cellular proteome. Azidohomoalanine labeling induces cellular stress and apoptotic pathways. Secretome consists of proteins with dysregulated expression profiles.
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