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medRxiv : the preprint server for health sciences2023May16Vol.issue()

シングルセルRNAシーケンスデータは、リスクバリアントに関連するアルツハイマー病における転写関係の再配線を明らかにしています

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文献タイプ:
  • Preprint
概要
Abstract

遺伝的リスクの変異がアルツハイマー病の病因にどのように寄与するかを理解することは依然として課題です。単一細胞RNAシーケンス(SCRNASEQ)により、遺伝子発現に対するゲノムリスク遺伝子座の細胞型特異的効果の調査が可能になります。合計130万細胞の7つのSCRNASEQデータセットを使用して、健康な個人とアルツハイマー病と診断された個人との遺伝子の異なる相関を調査しました。遺伝子の異なる相関の数を使用して、その関与と潜在的な影響を推定すると、ゲノムリスク遺伝子座の近くで考えられる因果遺伝子を特定するための優先順位付けスキームを提示します。遺伝子の優先順位付けに加えて、私たちのアプローチは特定の細胞タイプをピンポイントにし、アルツハイマー病に関連する遺伝子遺伝子関係の再配線に関する洞察を提供します。

遺伝的リスクの変異がアルツハイマー病の病因にどのように寄与するかを理解することは依然として課題です。単一細胞RNAシーケンス(SCRNASEQ)により、遺伝子発現に対するゲノムリスク遺伝子座の細胞型特異的効果の調査が可能になります。合計130万細胞の7つのSCRNASEQデータセットを使用して、健康な個人とアルツハイマー病と診断された個人との遺伝子の異なる相関を調査しました。遺伝子の異なる相関の数を使用して、その関与と潜在的な影響を推定すると、ゲノムリスク遺伝子座の近くで考えられる因果遺伝子を特定するための優先順位付けスキームを提示します。遺伝子の優先順位付けに加えて、私たちのアプローチは特定の細胞タイプをピンポイントにし、アルツハイマー病に関連する遺伝子遺伝子関係の再配線に関する洞察を提供します。

Understanding how genetic risk variants contribute to Alzheimer's Disease etiology remains a challenge. Single-cell RNA sequencing (scRNAseq) allows for the investigation of cell type specific effects of genomic risk loci on gene expression. Using seven scRNAseq datasets totalling >1.3 million cells, we investigated differential correlation of genes between healthy individuals and individuals diagnosed with Alzheimer's Disease. Using the number of differential correlations of a gene to estimate its involvement and potential impact, we present a prioritization scheme for identifying probable causal genes near genomic risk loci. Besides prioritizing genes, our approach pin-points specific cell types and provides insight into the rewiring of gene-gene relationships associated with Alzheimer's.

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