Phytomapを使用した植物組織における多重化シングルセル3D空間遺伝子発現解析

ネイティブの3次元組織コンテキストでの個々の細胞の複雑な応答を取得することは、組織機能を完全に理解するために重要です。ここでは、ファイトマップ（植物ハイブリダイゼーションベースの遺伝子発現MAPの標的観測）を提示します。これは、導入遺伝子のない方法で、全マウント植物組織における遺伝子発現の単一細胞および空間分析を可能にする多重化された蛍光in situハイブリダイゼーション法です。低コスト。Phytomapを適用して、シロイヌナズナの根の28の細胞型マーカー遺伝子を同時に分析し、主要な細胞タイプを正常に特定し、この方法が複雑な植物組織の単一細胞RNAを続行するデータセットで定義されたマーカー遺伝子の空間マッピングを大幅に加速できることを示しています。

Retrieving the complex responses of individual cells in the native three-dimensional tissue context is crucial for a complete understanding of tissue functions. Here, we present PHYTOMap (plant hybridization-based targeted observation of gene expression map), a multiplexed fluorescence in situ hybridization method that enables single-cell and spatial analysis of gene expression in whole-mount plant tissue in a transgene-free manner and at low cost. We applied PHYTOMap to simultaneously analyse 28 cell-type marker genes in Arabidopsis roots and successfully identified major cell types, demonstrating that our method can substantially accelerate the spatial mapping of marker genes defined in single-cell RNA-sequencing datasets in complex plant tissue.