ゲノム全体の関連分析による大豆脂肪酸の含有量に関連するSNPマーカーの識別

非標識：大豆種子の脂肪酸（FA）の組成は、大豆油の品質と使用に重要です。ガスクロマトグラフィーを使用して、5つの異なる環境で成長した621の大豆発電（成熟グループIからIV）の大豆FASプロファイルを測定しました。コロンバス、オハイオ州（2015）、ウースター、オハイオ州（2014年と2015）、プリマス、ノースカロライナ（2015）、およびUrbana、IL（2015）。公開されているSOYSNP50K遺伝子型データとこの研究のFAプロファイルを使用して、ゲノムワイドな関連分析が完了し、圧縮された混合線形モデルで完了し、5％のゲノム広い有意閾値で脂肪酸に著しく関連する43のゲノム領域を特定しました。これらの領域の中で、それぞれ5つの環境すべてでパルミチン酸とステアリン酸に関連する1つおよび3つの新しいゲノム領域が同定されました。さらに、9つの新規環境固有のFA関連ゲノム領域が発見され、大豆FAの遺伝学に関する新しい洞察を提供しました。この研究では、FATB1A、SACPD-C、KASIIIなど、以前に報告されたFA関連遺伝子座も確認されました。私たちの結果は、将来の機能研究と大豆FAのマーカー支援育種に役立ちます。 補足情報：オンライン版には、10.1007/s11032-021-01216-1で入手可能な補足資料が含まれています。

UNLABELLED: Composition of fatty acids (FAs) in soybean seed is important for the quality and uses of soybean oil. Using gas chromatography, we have measured soybean FAs profiles of 621 soybean accessions (maturity groups I through IV) grown in five different environments; Columbus, OH (2015), Wooster, OH (2014 and 2015), Plymouth, NC (2015), and Urbana, IL (2015). Using publicly available SoySNP50K genotypic data and the FA profiles from this study, a genome-wide association analysis was completed with a compressed mixed linear model to identify 43 genomic regions significantly associated with a fatty acid at a genome wide significance threshold of 5%. Among these regions, one and three novel genomic regions associated with palmitic acid and stearic acid, respectively, were identified across all five environments. Additionally, nine novel environment-specific FA-related genomic regions were discovered providing new insights into the genetics of soybean FAs. Previously reported FA-related loci, such as FATB1a, SACPD-C, and KASIII, were also confirmed in this study. Our results will be useful for future functional studies and marker-assisted breeding for soybean FAs. SUPPLEMENTARY INFORMATION: The online version contains supplementary material available at 10.1007/s11032-021-01216-1.