肝臓肝細胞癌におけるNTRK遺伝子およびTRK受容体のゲノムおよびプロテオームプロファイル

背景：神経栄養チロシンキナーゼ（NTRK）遺伝子ファミリーには、それぞれトロポミオシン受容体キナーゼTRKA、TRKB、およびTRKCをコードするNTRK1、NTRK2、およびNTRK3が含まれます。この研究の目的は、肝臓肝細胞癌（LIHC）のNTRK遺伝子およびTRK受容体のゲノムおよびプロテオームプロファイルを最初に評価することを目的としています。 方法：LiHCのNTRK遺伝子発現とタンパク質データについて、腫瘍、Ualcan、Gepia、Cbioportal、FusionGDB、SurvivalMeth、およびヒトタンパク質ATLASデータベースを検索しました。免疫組織化学を使用して、96の肝細胞癌（HCC）および94のパラがんした組織斑を含む市販のマイクロアレイ全体でPAN-TRK発現を検出しました。最大スコア300の修正組織スコア（Hスコア）を使用して、PAN-TRKの免疫組織化学染色を定量化しました。学生のTおよびカイ二乗検定は、使用された主な統計分析でした。 結果：LIHCのNTRK遺伝子の転写レベルは、健康なコントロールと有意な差はありませんでした。UalcanとGepiaを使用して、Ntrk2の高発現のみが、より長い病気のない生存と有意に関連していました（P = 0.004）。変化頻度は低かった（NTRK1で7％、NTRK2で1.7％、NTRK3で2％）。NTRK遺伝子のメチル化レベルはすべて、Ualcanによって分析されたようにすべて有意に異なっていました。高リスクグループは、NTRK1（P = 0.033）およびNTRK3（P = 0.005）の低リスク群と比較して、好ましくない予後を示しました。HCCおよびPARAが癌性組織のPAN-TRKのHスコアの中央値は統計的に異なっていませんでした（186.31±23.86および192.38±21.06、p = 0.065）。PAN-TRK発現のためのHスコアの中央値を持つHCCの臨床病理学的特徴には違いは観察されませんでした（P> 0.05）。PAN-TRK発現患者の生存率も有意な差はありませんでした。 結論：変化頻度は、遺伝子融合やメチル化レベルを含むNTRK遺伝子では低かった。したがって、HCC組織におけるPAN-TRK発現は、臨床病理学的特徴と予後の価値が限られています。

BACKGROUND: The neurotrophic tyrosine kinase (NTRK) gene family includes NTRK1, NTRK2, and NTRK3, which encode tropomyosin receptor kinases TrkA, TrkB, and TrkC, respectively. This study aimed to initially assess the genomic and proteomic profiles of NTRK genes and Trk receptors in liver hepatocellular carcinoma (LIHC). METHODS: The ONCOMINE, UALCAN, GEPIA, cBioPortal, FusionGDB, SurvivalMeth, and the Human Protein Atlas databases were searched for NTRK gene expression and protein data in LIHC. Immunohistochemistry was used to detect pan-Trk expression across a commercial microarray containing 96 hepatocellular carcinoma (HCC) and 94 para-cancerous tissue spots. A modified histological score (H-score) with a maximum score of 300 was used to quantify immunohistochemical staining for pan-Trk. Student's t- and chi-square tests were the main statistical analyses used. RESULTS: The transcriptional levels of NTRK genes in LIHC were not significantly different from healthy controls. Using UALCAN and GEPIA, only high expression of NTRK2 was significantly associated with longer disease-free survival (P = 0.004). The alteration frequencies were low (7% in NTRK1, 1.7% in NTRK2, and 2% in NTRK3). The methylation levels of NTRK genes were all significantly different as analyzed by UALCAN; the high-risk group displayed an unfavorable prognosis compared with the low-risk group for NTRK1 (P = 0.033) and NTRK3 (P = 0.005). The median H-score of pan-Trk in HCC and para-cancerous tissues was not statistically different (186.31 ± 23.86 and 192.38 ± 21.06, P = 0.065). No differences were observed in clinicopathological features of HCC with the median H-score for pan-Trk expression (p > 0.05). The survival rate of patients with pan-Trk expression was also not significantly different. CONCLUSION: The alteration frequency was low in NTRK genes, including gene fusion and methylation levels. Therefore, pan-Trk expression in HCC tissue has limited value in clinicopathological features and prognosis.