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背景:現在のゲノムワイド関連研究(GWAS)は、葉酸代謝物に関連する遺伝子遺伝子座を明らかにすることと、日本語の関連遺伝子環境相互作用を検出することを目的としています。 方法:2005年から2012年に加わった日本の多施設共同コホート(J-MICC)研究参加者を研究する日本で、血漿ホモシステイン(HCY)、葉酸(FA)、およびビタミンB12(VB12)レベルのGWASを実施しました。推定遺伝子環境相互作用。複製段階では、2009年に実施されたヤクモ研究のデータを使用しました。発見段階では、J-MICC研究の4つの独立した研究サイトからの2,263人の参加者のデータが分析されました。複製段階では、Yakumo研究の573人の参加者のデータが分析されました。 結果:HCYの場合、CHR 1のMTHFR遺伝子座、CHR 11のNOX4、CHR 16のCHMP1A、CHR 16のDPEP1はゲノム全体の有意性に達しました(P <5×10-8)。MTHFRもFAに関連付けられ、VB12に関連するChr 19のFut2。両方の研究における遺伝子環境相互作用を調査し、HCYでMTHFR C677Tと現在の飲酒、現在の飲酒、身体活動の間の有意な相互作用を発見しました(β= 0.039、0.038および-0.054、P = 0.018、0.021および<0.001、それぞれ)およびMTHFR C677TとFA(β= 0.033、P = 0.048)での飲酒との相互作用。 結論:現在のGWASは、葉酸代謝関連の遺伝子遺伝子座と日本の飲酒および身体活動との遺伝子環境相互作用を明らかにし、将来のパーソナライズされたCVD予防の可能性を示唆しています。
背景:現在のゲノムワイド関連研究(GWAS)は、葉酸代謝物に関連する遺伝子遺伝子座を明らかにすることと、日本語の関連遺伝子環境相互作用を検出することを目的としています。 方法:2005年から2012年に加わった日本の多施設共同コホート(J-MICC)研究参加者を研究する日本で、血漿ホモシステイン(HCY)、葉酸(FA)、およびビタミンB12(VB12)レベルのGWASを実施しました。推定遺伝子環境相互作用。複製段階では、2009年に実施されたヤクモ研究のデータを使用しました。発見段階では、J-MICC研究の4つの独立した研究サイトからの2,263人の参加者のデータが分析されました。複製段階では、Yakumo研究の573人の参加者のデータが分析されました。 結果:HCYの場合、CHR 1のMTHFR遺伝子座、CHR 11のNOX4、CHR 16のCHMP1A、CHR 16のDPEP1はゲノム全体の有意性に達しました(P <5×10-8)。MTHFRもFAに関連付けられ、VB12に関連するChr 19のFut2。両方の研究における遺伝子環境相互作用を調査し、HCYでMTHFR C677Tと現在の飲酒、現在の飲酒、身体活動の間の有意な相互作用を発見しました(β= 0.039、0.038および-0.054、P = 0.018、0.021および<0.001、それぞれ)およびMTHFR C677TとFA(β= 0.033、P = 0.048)での飲酒との相互作用。 結論:現在のGWASは、葉酸代謝関連の遺伝子遺伝子座と日本の飲酒および身体活動との遺伝子環境相互作用を明らかにし、将来のパーソナライズされたCVD予防の可能性を示唆しています。
BACKGROUND: The present genome-wide association study (GWAS) aimed to reveal the genetic loci associated with folate metabolites as well as to detect related gene-environment interactions in Japanese. METHODS: We conducted the GWAS of plasma homocysteine (Hcy), folic acid (FA), and vitamin B12 (VB12) levels in the Japan Multi-Institutional Collaborative Cohort (J-MICC) Study participants who joined from 2005 to 2012, and also estimated gene-environment interactions. In the replication phase, we used data from the Yakumo Study conducted in 2009. In the discovery phase, data of 2,263 participants from four independent study sites of the J-MICC Study were analyzed. In the replication phase, data of 573 participants from the Yakumo Study were analyzed. RESULTS: For Hcy, MTHFR locus on chr 1, NOX4 on chr 11, CHMP1A on chr 16, and DPEP1 on chr 16 reached genome-wide significance (P < 5×10-8). MTHFR also associated with FA, and FUT2 on chr 19 associated with VB12. We investigated gene-environment interactions in both studies and found significant interactions between MTHFR C677T and ever drinking, current drinking, and physical activity > 33% on Hcy (β = 0.039, 0.038 and -0.054, P = 0.018, 0.021 and < 0.001, respectively) and the interaction of MTHFR C677T with ever drinking on FA (β = 0.033, P = 0.048). CONCLUSIONS: The present GWAS revealed the folate metabolism-associated genetic loci and gene-environment interactions with drinking and physical activity in Japanese, suggesting the possibility of future personalized CVD prevention.
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