肺がんにおける珍しいが臨床的に実用的なEGFR変異を示す非定型液滴デジタルポリメラーゼ連鎖反応パターン

コンテキスト：：液滴デジタルポリメラーゼ連鎖反応（DDPCR）は、非小細胞肺癌の一般的な病原性EGFR変異を検出する敏感な方法です。標的アッセイはそれらを検出するように特異的に設計されていませんが、珍しいEGFR変異は標的療法への反応に関連しています。 目的。—：珍しいが臨床的に実行可能なEGFR変異に対応する非定型DDPCRパターンを説明する。 設計。—：ターゲットを絞った次世代シーケンスを受けた1134連続の非小細胞肺がんのコホートがレビューされました。プローブ結合部位を含む珍しいEGFR変異は、DDPCRによって評価されました。 結果。—：1134の癌（22.5％）のうち255が病原性EGFR変異を抱いています。255の86（72.9％）には、DDPCRによって検出用に設計された標準的なEGFR Exon 19の削除またはExon 21 p.l858Rバリアントがありました。255症例のうち25症例（9.8％）は、プローブ結合部位内で珍しいEGFR変異を抱えていました。これには、エクソン19とエクソン21の両方で並行していない変異がある1つのケースが含まれます。EGFR Exon 19置換p.l747p（n = 3）およびp.l747a（n = 1）、EGFR p.l858r（n = 5）、egfr exon 21置換p.k860i（n = 1）およびp.l861q（n = 9）、およびegfr p。[l858r; k860i]（n = 1）。液滴デジタルポリメラーゼ連鎖反応は、これらの珍しいバリアントのそれぞれに対して非定型だが再現可能なシグナルを生成しました。 結論。—：症状のない病原性EGFRバリアントの液滴デジタルポリメラーゼ連鎖反応分析は、ユニークで再現可能な結果をもたらす可能性があります。EGFR DDPCR検査における非定型パターンの認識は、非小細胞肺癌患者の確認的な分子検査を促し、適切な標的療法選択を促進することができます。

CONTEXT.—: Droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) is a sensitive method to detect common pathogenic EGFR mutations in non-small cell lung cancer. Although targeted assays have not been specifically designed to detect them, uncommon EGFR mutations have been linked to response to targeted therapy. OBJECTIVE.—: To describe atypical ddPCR patterns that correspond to uncommon but clinically actionable EGFR mutations. DESIGN.—: A cohort of 1134 consecutive non-small cell lung cancers that underwent targeted next-generation sequencing was reviewed. Uncommon EGFR mutations involving probe binding sites were evaluated by ddPCR. RESULTS.—: Two hundred fifty-five of 1134 cancers (22.5%) harbored pathogenic EGFR mutations. One hundred eighty-six of 255 (72.9%) had canonical EGFR exon 19 deletion or exon 21 p.L858R variants designed for detection by ddPCR. An additional 25 of 255 cases (9.8%) had uncommon EGFR mutations within the probe-binding site, including one case with concurrent uncommon mutations in both exon 19 and exon 21. These mutations included uncommon EGFR exon 19 deletions (n = 6), EGFR exon 19 substitutions p.L747P (n = 3) and p.L747A (n = 1), dinucleotide substitutions leading to EGFR p.L858R (n = 5), EGFR exon 21 substitutions p.K860I (n = 1) and p.L861Q (n = 9), and EGFR p.[L858R;K860I] (n = 1). Droplet digital polymerase chain reaction generated atypical but reproducible signal for each of these uncommon variants. CONCLUSIONS.—: Droplet digital polymerase chain reaction analysis of uncommon pathogenic EGFR variants can yield unique and reproducible results. Recognition of atypical patterns in EGFR ddPCR testing can prompt confirmatory molecular testing and aid appropriate targeted therapy selection for patients with non-small cell lung cancer.