Chip-seq分析では、中国のHANの原発性胆道胆管炎のGTF2-The Somphisecibuly遺伝子であるIL21Rが見つかりました。

AIMS：中国のHANにおける原発性胆管胆管炎（PBC）に関連する新しい感受性遺伝子を特定し、PBCにおけるその遺伝子の可能なメカニズムを調査することを目的としています。 方法：合計466個のPBCおよび694人の健康なコントロール（HC）が私たちの研究に含まれ、SequenomによるGTF2I遺伝子変異体のジェノタイピングが含まれていました。CD19+B細胞は、クロマチン免疫沈降シーケンス（CHIP-seq）のために分離されました。さらに、Meme-chipを利用して、既知のモチーフとde novoモチーフ発見の検索を実行しました。造血細胞株（K562）のGTF2Iチップセックは、ENCODE（GSE176987、GSE177691）から得られました。ゲノムハイパーブラウザーを使用して、データセットとエンコードデータセット間のオーバーラップと階層クラスタリングを決定しました。 結果：RS117026326バリアントT対立遺伝子の頻度は、PBC患者の方がHCよりも有意に高かった（13.89％、PC = 1.09E-04と比較して20.26％）。さらに、HCと比較して、上流に位置するGTF2I結合部位の割合とPBCの遺伝子の5 'UTRの割合が観察されました。さらに、IL21R領域の詳細な分析により、GTF2IはIL21Rプロモーターに結合してIL21Rの発現を調節する可能性があることが明らかになりました。utr。Meme-chipによるモチーフ分析は、5つの重要なモチーフを明らかにしました。チップとGSE176987の間に有意な重複があるGSE17769は、ゲノムハイパーブロスワーによって発見されました。 結論：我々の研究では、GTF2Iが中国の漢のPBCに関連していることが確認されました。さらに、我々の遺伝子機能分析は、IL21RがGTF2Iによって調節される標的遺伝子である可能性があることを示しました。

AIMS: Aimed to identify a new susceptibility gene associated with primary biliary cholangitis (PBC) in Chinese Han and investigate the possible mechanism of that gene in PBC. METHODS: A total of 466 PBC and 694 healthy controls (HC) were included in our study, and genotyping GTF2I gene variants by Sequenom. CD19 + B cells were isolated for Chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq). Additionally, MEME-ChIP was utilized to perform searches for known motifs and de novo motif discovery. The GTF2I ChIP-seq of hematopoietic cell line (K562) results were obtained from ENCODE (GSE176987, GSE177691). The Genomic HyperBrowser was used to determine overlap and hierarchal clustering between ours and ENCODE datasets. RESULTS: The frequency of the rs117026326 variant T allele was significantly higher in PBC patients than that in HC (20.26% compared with 13.89%, Pc = 1.09E-04). Furthermore, we observed an elevated proportion of GTF2I binding site located in the upstream and 5' UTR of genes in PBC in comparison with HC. Additionally, an in-depth analysis of IL21R region revealed that GTF2I might bind to the IL21R promoter to regulate the expression of the IL21R, with four peaks of GTF2I binding sites, including three increased binding sites in upstream, one increased binding site in 5' UTR. Motif analysis by MEME-ChIP uncovered five significant motifs. A significant overlap between our ChIP and GSE176987, GSE17769 were found by the Genomic HyperBroswer. CONCLUSIONS: Our study confirmed that GTF2I was associated with PBC in Chinese Han. Furthermore, our gene function analysis indicated that IL21R may be the target gene regulated by GTF2I.