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複数のシーケンスアラインメントのアルゴリズムは、ユーザーが選択した不一致の長さと程度の単語を一致させることが与えられます。アライメントは、アライメントスコアリング関数を最大化します。この方法は、コンセンサスシーケンスメソッドの新しい拡張に基づいています。アルゴリズムは、DNAとタンパク質配列の両方で機能し、コンセンサスシーケンスに関する以前の研究から、統計的有意性を推定することが可能です。
複数のシーケンスアラインメントのアルゴリズムは、ユーザーが選択した不一致の長さと程度の単語を一致させることが与えられます。アライメントは、アライメントスコアリング関数を最大化します。この方法は、コンセンサスシーケンスメソッドの新しい拡張に基づいています。アルゴリズムは、DNAとタンパク質配列の両方で機能し、コンセンサスシーケンスに関する以前の研究から、統計的有意性を推定することが可能です。
An algorithm for multiple sequence alignment is given that matches words of length and degree of mismatch chosen by the user. The alignment maximizes an alignment scoring function. The method is based on a novel extension of our consensus sequence methods. The algorithm works for both DNA and protein sequences, and from earlier work on consensus sequences, it is possible to estimate statistical significance.
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