ポッサムV3：タンパク質の同様の結合部位を見つけるためのポッサムデータベースの主要な拡張

既知の推定タンパク質リガンド結合ポケットの比較を含むタンパク質リガンド複合体の構造に関する情報は、タンパク質への注釈と創薬と発達に役立ちます。生物医学的および医薬品研究を促進するために、タンパク質の同様の結合ポケットを識別するためのデータベースであるポッサム（https://possum.cbrc.pj.aist.go.jp/possum/）を開発しました。現在のPossumデータベースには、ほぼ1,000万個の識別されたポケットの中で1億9,100万個の同様のペアが含まれています。Possum Drug Search（Posumds）は、承認された薬物化合物に結合できる一連のポケット間のリガンドと受容体の多様性を調査するためのリソースです。拡張されたポッサムは、承認された薬物と薬物候補の両方に関連するポケットをカバーしています。ChemBLの最新リリースからの臨床試験で。さらに、2つの新しいデータベースを開発しました。AlphaFoldヒトタンパク質モデルの推定ポケットの探索を簡素化するために、抗体抗原相互作用を調査するためのPosumagとPosumafを開発しました。

Information on structures of protein-ligand complexes, including comparisons of known and putative protein-ligand-binding pockets, is valuable for protein annotation and drug discovery and development. To facilitate biomedical and pharmaceutical research, we developed PoSSuM (https://possum.cbrc.pj.aist.go.jp/PoSSuM/), a database for identifying similar binding pockets in proteins. The current PoSSuM database includes 191 million similar pairs among almost 10 million identified pockets. PoSSuM drug search (PoSSuMds) is a resource for investigating ligand and receptor diversity among a set of pockets that can bind to an approved drug compound. The enhanced PoSSuMds covers pockets associated with both approved drugs and drug candidates in clinical trials from the latest release of ChEMBL. Additionally, we developed two new databases: PoSSuMAg for investigating antibody-antigen interactions and PoSSuMAF to simplify exploring putative pockets in AlphaFold human protein models.