SARS-COV-2 BA286サブバリアントの進化と中和の脱出

Omicron Ba.2.86サブバリアントは、Omicron Ba.2とは異なり、スパイクタンパク質のみの30を超える変異によって最近循環バリアントが異なります。ここでは、細胞培養における中和抗体とウイルス複製特性からの脱出についてテストした南アフリカで収集された診断スワブからのライブBA.2.86サブバリアントの分離について報告します。Ba.2.86は、Omicron XBB-Familyサブバリアント感染のいずれかによって誘発された中和免疫から、または南アフリカ集団からの最近収集された血清の残留中和免疫から誘発された中和免疫から、オミクロンXBB.1.5に比べて有意な脱出を持たないことがわかりました。Ba.2.86は、オミクロン以前のワクチン接種者から血清によって中和され、オミクロンBA.1感染者の血清によって中和された場合、Omicron BA.1と比較して、D614G置換（b.1系統）を伴う先祖のウイルスと比較して広範な脱出があります。Ba.2.86およびXBB.1.5は、Vero6-TMPRSS2およびH1299-ACE2細胞株で同様のウイルス感染ダイナミクスを示しています。また、Ba.2.86とBa.2シーケンスとの関係も調査します。最も近いBA.2シーケンスは、2022年初頭に循環する南アフリカのBA.2サンプルです。同様に、多くの基底BA.2.86シーケンスが南アフリカでサンプリングされました。これは、Ba.2.86がこの領域で潜在的に進化したことを示唆しており、観察されていない進化により、SARS-Cov-2の最近循環株とスケールが同様の中和抗体から脱出することが示唆されています。

Omicron BA.2.86 subvariant differs from Omicron BA.2 as well as recently circulating variants by over 30 mutations in the spike protein alone. Here we report on the isolation of the live BA.2.86 subvariant from a diagnostic swab collected in South Africa which we tested for escape from neutralizing antibodies and viral replication properties in cell culture. We found that BA.2.86 does not have significantly more escape relative to Omicron XBB.1.5 from neutralizing immunity elicited by either Omicron XBB-family subvariant infection or from residual neutralizing immunity of recently collected sera from the South African population. BA.2.86 does have extensive escape relative to ancestral virus with the D614G substitution (B.1 lineage) when neutralized by sera from pre-Omicron vaccinated individuals and relative to Omicron BA.1 when neutralized by sera from Omicron BA.1 infected individuals. BA.2.86 and XBB.1.5 show similar viral infection dynamics in the VeroE6-TMPRSS2 and H1299-ACE2 cell lines. We also investigate the relationship of BA.2.86 to BA.2 sequences. The closest BA.2 sequences are BA.2 samples from Southern Africa circulating in early 2022. Similarly, many basal BA.2.86 sequences were sampled in Southern Africa. This suggests that BA.2.86 potentially evolved in this region, and that unobserved evolution led to escape from neutralizing antibodies similar in scale to recently circulating strains of SARS-CoV-2.