マルチオミクス分析は、パン癌分析を介した腎臓腎透明細胞癌における代替スプライシングおよび腫瘍免疫微小環境におけるアポリポタンパク質Eの機能を明らかにします

アポリポタンパク質E（APOE）は、さまざまな癌の発達に関連する脂質代謝を調節します。しかし、その正確な予後的意義と代替スプライシングにおける機能と腫瘍免疫微小環境は不明のままです。この研究では、TCGAから汎癌でAPOE発現を抽出し、mRNAトランスクリプトーム、細胞株、およびタンパク質レベルを分析しました。さらに、Oncosplicingデータベースを使用して、予後プロファイルを使用したAPOE遺伝子転写産物の代替スプライシング発現を分析しました。機能的濃縮分析を実行するために73の一般的なAPOE遺伝子を取得し、タイマー、EPIC、およびSSGSEAメソッドを使用して遺伝子と免疫細胞間の相関を評価し、UALCANデータベースを使用して予後の有意性を調べました。最後に、単一細胞データを採用して、APOE遺伝子と細胞機能との相関を評価しました。私たちの発見は、APOEの発現が異なる腫瘍タイプと癌細胞株によって異なることを明らかにしました。代替のスプライシング分析では、APOE転写産物の発現レベルがLGG、KIRC、KIRPなどの癌で予後値を持っていることが実証されました。機能的濃縮分析では、APOEとマクロファージ、CD8 T細胞、NK細胞などのさまざまな免疫細胞との間の有意な関連性が示され、予後に有意な意味がありました。さらに、単一細胞データは、APOEが主に間質細胞間の腎上皮細胞および免疫細胞間のマクロファージで発現し、5つの機能状態と有意に負の相関があることを示しました。私たちの研究は、汎癌におけるAPOEの機能の最初の包括的な調査を表し、APOEを癌の病因、予後、および免疫治療標的の潜在的なバイオマーカーとして特定しています。

Apolipoprotein E (APOE) regulates lipid metabolism, associated with the development of various cancers. However, its precise prognostic significance and functions in alternative splicing and the tumor immune microenvironment remain unclear. In this study, we extracted APOE expression in pan-cancer from TCGA and analyzed mRNA transcriptome, cell lines, and protein levels. Furthermore, we analyzed the alternative splicing expression of the APOE gene transcript with prognostic profiles using the OncoSplicing database. We obtained 73 common APOE genes to perform functional enrichment analysis, assess the correlation between genes and immune cells using TIMER, EPIC, and ssGSEA methods, and examine the prognostic significance using the UALCAN database. Finally, single-cell data was employed to assess the correlation between APOE genes and cell functions. Our findings revealed that APOE expression varies across different tumor types and cancer cell lines. The alternative splicing analysis demonstrated that APOE transcript expression levels have prognostic value in cancers such as LGG, KIRC, and KIRP. Functional enrichment analysis indicated significant associations between APOE and various immune cells, such as macrophages, CD8 T cells, and NK cells, with significant implications for prognosis. Moreover, single-cell data indicated that APOE was primarily expressed in renal epithelial cells among stromal cells and in macrophages among immune cells, significantly negatively correlated with five functional states. Our study represents the first comprehensive exploration of APOE's function in pan-cancers and identifies APOE as a potential biomarker in cancer pathogenesis, prognosis, and immune therapeutic target.