MTLAおよびAER遺伝子を介したVibrio parahaemolyticusの事前タイピング：高解像度、費用対効果の高いアプローチ

Vibrio parahaemolyticusは食物媒介性疾患の重要な原因であり、世界中のその発生率が増加しています。したがって、この病原体の株を入力するための簡単で効率的な方法を開発することが不可欠です。この研究では、V。parahaemolyticusの75の完全なゲノムのパンゲノム分析を実施し、最も高い程度の変動を持つコア遺伝子MTLAを特定しました。高度な変動を持つ遺伝子。MTLA遺伝子は、コアゲノムによって構築された系統樹の従来のMLST遺伝子と比較して、密接な関係のある型株をタイプするより高い分解能を持っていました。遺伝子MTLA（ω> 1）でも強いポジティブ選択が検出され、環境に応答した適応と進化を表しています。したがって、遺伝子MTLAとAERのパネルは、V。parahaemolyticusのタイピングのためのツールとして機能し、この食物媒介性疾患の予防と制御に潜在的に貢献する可能性があります。

Vibrio parahaemolyticus is a significant cause of foodborne illness, and its incidence worldwide is on the rise. It is thus imperative to develop a straightforward and efficient method for typing strains of this pathogen. In this study, we conducted a pangenome analysis of 75 complete genomes of V. parahaemolyticus and identified the core gene mtlA with the highest degree of variation, which distinguished 44 strains and outperformed traditional seven-gene-based MLST when combined with aer, another core gene with high degree of variation. The mtlA gene had higher resolution to type strains with a close relationship compared to the traditional MLST genes in the phylogenetic tree built by core genomes. Strong positive selection was also detected in the gene mtlA (ω > 1), representing adaptive and evolution in response to the environment. Therefore, the panel of gene mtlA and aer may serve as a tool for the typing of V. parahaemolyticus, potentially contributing to the prevention and control of this foodborne disease.