非コーディング886（NC886/VTRNA2-1）、エピジェネティックな奇妙なアヒル - 将来の研究への影響

非コード886（NC886、VTRNA2-1）は、メチル化状態が遺伝学によって決定されない唯一のヒト多型に刻印された遺伝子です。メチル化パターンの確立、安定性、結果、および遺伝子座から転写されたNC886 RNAの性質と機能に関する既存の文献は矛盾しています。たとえば、遺伝子座のメチル化状態は、生命と体細胞組織全体で安定していると報告されていますが、環境への影響を受けやすくなります。生成されたNC886 RNAの性質は複数回再定義されており、発癌において、これらのRNAは矛盾する役割を持っていると報告されています。さらに、NC886遺伝子座のバイモーダルメチル化パターンにより、従来のゲノム全体のメチル化分析は、特に小さなデータセットで、偽陽性の結果につながる可能性があります。本明細書では、NC886に関する既存の文献を要約し、NC886の特性が矛盾した結果をどのように生じ、再解釈、Reanalyse、および可能であれば、現在の文献に示されている結果を再現するかを議論することを目指しています。また、NC886メチル化パターンの分布が集団の地理的起源にどのように関連しているかについての新しい発見を紹介し、多種多様なヒト腫瘍のメチル化の変化を説明します。この1つの特異な遺伝子遺伝子座とRNAの例を通じて、私たちは一般的にDNAメチル化と非コードRNAの分析における問題を強調し、将来の分析で考慮すべきことについての提案を提供することを目指しています。

Non-coding 886 (nc886, vtRNA2-1) is the only human polymorphically imprinted gene, in which the methylation status is not determined by genetics. Existing literature regarding the establishment, stability and consequences of the methylation pattern, as well as the nature and function of the nc886 RNAs transcribed from the locus, are contradictory. For example, the methylation status of the locus has been reported to be stable through life and across somatic tissues, but also susceptible to environmental effects. The nature of the produced nc886 RNA(s) has been redefined multiple times, and in carcinogenesis, these RNAs have been reported to have conflicting roles. In addition, due to the bimodal methylation pattern of the nc886 locus, traditional genome-wide methylation analyses can lead to false-positive results, especially in smaller datasets. Herein, we aim to summarize the existing literature regarding nc886, discuss how the characteristics of nc886 give rise to contradictory results, as well as to reinterpret, reanalyse and, where possible, replicate the results presented in the current literature. We also introduce novel findings on how the distribution of the nc886 methylation pattern is associated with the geographical origins of the population and describe the methylation changes in a large variety of human tumours. Through the example of this one peculiar genetic locus and RNA, we aim to highlight issues in the analysis of DNA methylation and non-coding RNAs in general and offer our suggestions for what should be taken into consideration in future analyses.