5つの内部モンゴルのカシミアヤギ集団における遺伝的多様性と人口構造全ゲノムジェノタイピングを使用して

目的：カリスマ種として、カシミヤヤギには豊富な遺伝的資源があります。内部モンゴルの自律地域には、州によって名前が付けられ、承認された3つのカシミヤヤギ品種があります。これらのヤギは、カシミヤの高い生産と優れたカシミアの品質で有名です。したがって、将来、新しい品種を開発するための繁殖材料として機能するため、遺伝的資源を保護することが極めて重要です。 方法：インナーモンゴルのカシミヤヤギ（IMCG）、ハンシャンホワイトカシミヤヤギ（HS）、ウジムキンホワイトカシミアヤギ（WZMQ）を含む3つの品種が研究されました。IMCGは、Aerbas（ARBS）、Erlangshan（ELS）、Alashan（ALS）の3つのタイプでした。各集団について9つのDNAサンプルが収集され、高強度のデータを取得するためにゲノム的に再発しました。各集団の遺伝的多様性パラメーターは、選択強度を決定するために推定されました。集団間の遺伝的関係を決定するために、主成分分析、系統樹の構造、および遺伝的分化パラメーターの推定が実行されました。 結果：5つのヤギ集団の45人の個人からのサンプルが配列決定され、30,601,671のRAW SNPが得られました。次に、リファレンスゲノムを使用してバリアント呼び出しを実施し、品質管理の後に17,214,526 SNPを保持しました。個人の個々のシーケンス深度は、21.13xから46.18xの範囲で、平均28.5倍でした。ARBSでは、遺伝子座の多型（79.28）および予想されるヘテロ接合（0.2554）の割合が最も低く、相同一貫比（0.1021）と平均近接係数（0.1348）が最高であり、この母集団が強い選択強度があることを示しています。逆に、ALSとWZMQの選択強度は比較的低かった。HSと他の4つの集団との間の遺伝的距離は比較的高く、他の4つの集団の間には遺伝交換が存在していました。 結論：S：内側のモンゴルのカシミアヤギ（ARBタイプ）の個体群は、比較的高い選択強度と低い遺伝的多様性を持っています。IMCG（ALSタイプ）およびWZMQ集団は、選択強度が比較的低く、遺伝的多様性が高かった。HSと他の4つの集団との間の遺伝的距離は比較的高く、中程度の分化がありました。全体として、これらの遺伝的変異は、将来のモンゴル自律地域のカシミヤヤギの内部モンゴルの資源識別のための強固な基盤を提供します。

OBJECTIVE: As a charismatic species, cashmere goats have rich genetic resources. In the Inner Mongolia Autonomous Region, there are three cashmere goat varieties named and approved by the state. These goats are renowned for their high cashmere production and superior cashmere quality. Therefore, it is vitally important to protect their genetic resources as they will serve as breeding material for developing new varieties in the future. METHODS: Three breeds including Inner Mongolia cashmere goats (IMCG), Hanshan White cashmere goats (HS), and Ujimqin white cashmere goats (WZMQ) were studied. IMCG were of three types: Aerbas (ARBS), Erlangshan (ELS) and Alashan (ALS). Nine DNA samples were collected for each population, and they were genomically re-sequenced to obtain high-depth data. The genetic diversity parameters of each population were estimated to determine selection intensity. Principal component analysis, phylogenetic tree construction and genetic differentiation parameter estimation were performed to determine genetic relationships among populations. RESULTS: Samples from the 45 individuals from the five goat populations were sequenced, and 30,601,671 raw SNPs obtained. Then, variant calling was conducted using the reference genome, and 17,214,526 SNPs were retained after quality control. Individual sequencing depth of individuals ranged from 21.13X to 46.18X, with an average of 28.5X. In the ARBS, locus polymorphism (79.28) and expected heterozygosity (0.2554) proportions were the lowest, and the homologous consistency ratio (0.1021) and average inbreeding coefficient (0.1348) were the highest, indicating that this population had strong selection intensity. Conversely, ALS and WZMQ selection intensity was relatively low. Genetic distance between HS and the other four populations was relatively high, and genetic exchange existed among the other four populations. CONCLUSION: s: The Inner Mongolia cashmere goat (ARBS type) population has a relatively high selection intensity and a low genetic diversity. The IMCG (ALS type) and WZMQ populations had relatively low selection intensity and high genetic diversity. The genetic distance between HS and the other four populations was relatively high, with a moderate degree of differentiation. Overall, these genetic variations provide a solid foundation for resource identification of Inner Mongolia Autonomous Region cashmere goats in the future.