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Nucleic acids research2024Apr13Vol.issue()

Interactive Tree of Life(ITOL)V6:系統樹のディスプレイと注釈ツールの最近の更新

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文献タイプ:
  • Journal Article
概要
Abstract

インタラクティブな生命の木(https://itol.embl.de)は、系統発生およびその他の木の管理、表示、注釈、操作のためのオンラインツールです。それは自由に利用可能で、誰でも開いています。ITOLバージョン6では、近代化された完全に書き直されたユーザーインターフェイスを、多数の新機能とともに紹介しています。新しいデータセットタイプが導入されており(色付き/ラベル付き範囲)、以前の単純な色の範囲注釈関数の機能を大幅にアップグレードします。いくつかの既存のデータセットタイプには、追加の注釈オプションが実装されています。データセットテンプレートファイルは、完全な正規表現サポートを含む、サブストリングマッチングを介して複数のツリーノードへの注釈の簡単な割り当てをサポートするようになりました。ノードメタデータの取り扱いは、新しいディスプレイとエクスポートオプションで大幅に拡張されており、インタラクティブに編集したり、注釈ファイルを介してバルク更新を編集できるようになりました。ツリーラベルは、個々のラベルパーツの正確なポジショニング、サイジング、スタイリングを使用して、複数の同時のフォントスタイルを使用して表示できます。さまざまなバルクラベル編集機能が実装されており、すべてのツリーノードラベルの大規模な変更を簡素化しています。ITOLの自動分類割り当て関数は、NCBIの分類法に加えて、Genome Taxonomy Database(GTDB)に基づいて木をサポートするようになりました。オプションのユーザーアカウントページの機能は拡張されており、プロジェクトやツリーの管理、ナビゲーション、共有を簡素化しました。ITOLは現在、130,000以上の個々のユーザーアカウントから150万台以上のツリーを処理しています。

インタラクティブな生命の木(https://itol.embl.de)は、系統発生およびその他の木の管理、表示、注釈、操作のためのオンラインツールです。それは自由に利用可能で、誰でも開いています。ITOLバージョン6では、近代化された完全に書き直されたユーザーインターフェイスを、多数の新機能とともに紹介しています。新しいデータセットタイプが導入されており(色付き/ラベル付き範囲)、以前の単純な色の範囲注釈関数の機能を大幅にアップグレードします。いくつかの既存のデータセットタイプには、追加の注釈オプションが実装されています。データセットテンプレートファイルは、完全な正規表現サポートを含む、サブストリングマッチングを介して複数のツリーノードへの注釈の簡単な割り当てをサポートするようになりました。ノードメタデータの取り扱いは、新しいディスプレイとエクスポートオプションで大幅に拡張されており、インタラクティブに編集したり、注釈ファイルを介してバルク更新を編集できるようになりました。ツリーラベルは、個々のラベルパーツの正確なポジショニング、サイジング、スタイリングを使用して、複数の同時のフォントスタイルを使用して表示できます。さまざまなバルクラベル編集機能が実装されており、すべてのツリーノードラベルの大規模な変更を簡素化しています。ITOLの自動分類割り当て関数は、NCBIの分類法に加えて、Genome Taxonomy Database(GTDB)に基づいて木をサポートするようになりました。オプションのユーザーアカウントページの機能は拡張されており、プロジェクトやツリーの管理、ナビゲーション、共有を簡素化しました。ITOLは現在、130,000以上の個々のユーザーアカウントから150万台以上のツリーを処理しています。

The Interactive Tree Of Life (https://itol.embl.de) is an online tool for the management, display, annotation and manipulation of phylogenetic and other trees. It is freely available and open to everyone. iTOL version 6 introduces a modernized and completely rewritten user interface, together with numerous new features. A new dataset type has been introduced (colored/labeled ranges), greatly upgrading the functionality of the previous simple colored range annotation function. Additional annotation options have been implemented for several existing dataset types. Dataset template files now support simple assignment of annotations to multiple tree nodes through substring matching, including full regular expression support. Node metadata handling has been greatly extended with novel display and exporting options, and it can now be edited interactively or bulk updated through annotation files. Tree labels can be displayed using multiple simultaneous font styles, with precise positioning, sizing and styling of each individual label part. Various bulk label editing functions have been implemented, simplifying large scale changes of all tree node labels. iTOL's automatic taxonomy assignment functions now support trees based on the Genome Taxonomy Database (GTDB), in addition to the NCBI taxonomy. The functionality of the optional user account pages has been expanded, simplifying the management, navigation and sharing of projects and trees. iTOL currently handles more than one and a half million trees from >130 000 individual user accounts.

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