トナカイにおける骨細胞外マトリックスタンパク質の注釈のためのフィロボンデータベースの使用（Rangifer Tarandus）

骨細胞外マトリックス（ECM）タンパク質は、構造的および調節機能を含む骨形成と再生に重要な役割を果たします。フィロボーンデータベースは、39種の255のECMタンパク質グループで構成されており、骨研究をサポートするために使用できます。ここでは、Cervidaeファミリーのメンバーであるトナカイ（Rangifer Tarandus）から骨ECMタンパク質を集めました。トナカイの重要性は、男性と女性の両方の個人で角を再生する能力にあります。タンパク質配列は、国立バイオテクノロジー情報のリポジトリセンターから抽出され、相同性検索によって選択されました。トナカイの骨ECMに推定的に存在する215個のタンパク質と対応する機能ドメインを特定しました。タンパク質配列アライメントは、R。tarandusとCervidaeファミリーの他のメンバーの間に高度な保全を示しています。この更新により、フィロボンデータベースが拡張され、新規プロテオームにおける骨ECMタンパク質の予備注釈に有用なリソースであることが示されています。

Bone extracellular matrix (ECM) proteins play a key role in bone formation and regeneration, including structural and regulatory functions. The Phylobone database consists of 255 ECM protein groups from 39 species and can be used to support bone research. Here, we gathered bone ECM proteins from reindeer (Rangifer tarandus), a member of the Cervidae family. The importance of reindeer lies in their ability to regenerate their antlers, in both male and female individuals. Protein sequences were extracted from the National Center for Biotechnology Information's repository and selected by homology searches. We identified 215 proteins and their corresponding functional domains, which are putatively present in the bone ECM of reindeer. Protein sequence alignments have shown a high degree of conservation between R. tarandus and other members of the Cervidae family. This update expands the Phylobone database and shows that it is a useful resource for the preliminary annotation of bone ECM proteins in novel proteomes.