北アイルランドのペスティウイルスA（BVDV-1）感染症の局所的なホットスポットの遺伝子型分析

背景：ウシのウイルス下痢（BVD）は、ペスティウイルスAとペスチビロスBによって引き起こされます。北アイルランド（NI）は2016年に強制的なBVD根絶スキームに着手しました。NIの牛の個体数が必要です。 方法：この分子疫学研究では、2019年のエニスキレン地域のBVDアウトブレイクのホットスポットから採取されたサンプルで循環するペスチミス遺伝子型を調べるために、5 '非翻訳領域（5'utr）遺伝的配列決定を採用しました。 結果：ウシウイルス下痢ウイルス（BVDV）-1E（ペスティウイルスA）が北アイルランドで初めて、2019年にエニスキレンの感染ホットスポットで高頻度で検出されました。BVDV-2の感染の証拠はありませんでした（ペスティウイルスB）、境界病ウイルス（ペスティウイルスD）またはホビ様ウイルス/BVDV-3（ペスティウイルスH）。 制限：5'utrシーケンスのみが使用されたため、すべてのBVDV-1遺伝子型参照株を含む系統発生樹木とともに、補足シーケンスが精度を向上させます。農場の場所と動物の動き/貿易の調査も必要です。 結論：遺伝子型BVDV-1Eが北アイルランドで初めて発見され、BVDV-1の遺伝的多様性の増加を示しています。

BACKGROUND: Bovine viral diarrhoea (BVD) is caused by Pestivirus A and Pestivirus B. Northern Ireland (NI) embarked on a compulsory BVD eradication scheme in 2016, which continues to this day, so an understanding of the composition of the pestivirus genotypes in the cattle population of NI is required. METHODS: This molecular epidemiology study employed 5' untranslated region (5'UTR) genetic sequencing to examine the pestivirus genotypes circulating in samples taken from a hotspot of BVD outbreaks in the Enniskillen area in 2019. RESULTS: Bovine viral diarrhoea virus (BVDV)-1e (Pestivirus A) was detected for the first time in Northern Ireland, and at a high frequency, in an infection hotspot in Enniskillen in 2019. There was no evidence of infection with BVDV-2 (Pestivirus B), Border disease virus (pestivirus D) or HoBi-like virus/BVDV-3 (pestivirus H). LIMITATIONS: Only 5'UTR sequencing was used, so supplementary sequencing, along with phylogenetic trees that include all BVDV-1 genotype reference strains, would improve accuracy. Examination of farm locations and animal movement/trade is also required. CONCLUSIONS: Genotype BVDV-1e was found for the first time in Northern Ireland, indicating an increase in the genetic diversity of BVDV-1, which could have implications for vaccine design and highlights the need for continued pestivirus genotypic surveillance.