HIV-1 5 '長ターミナルリピートの統一分類システム

HIV-1プロビラスは、主に各末端に1つの長期繰り返し（LTR）が隣接する内部コーディング領域で構成されています。LTRは、HIV-1逆転写、統合、および転写に重要な役割を果たします。ただし、明確な参照分類を使用してHIV-1の内部コーディング領域の重要な研究の進歩にもかかわらず、HIV-1 5 'LTRの系統的および系統発生分類はありません。ウイルス起源、スプレッド、および治療の。ここでは、参照分類の4つの認識された原則に続くパブリックデータベースの5 'LTRシーケンスの利用可能なすべてのリソースを分析することにより、83の代表者と14のコンセンサスシーケンスが2つのグループ、6つのサブタイプ、6つのサブサブタイプ、および9 crfの代表として特定されました。サプリメントされた分類システムの信頼性をテストするために、構築された参照を適用して、中国の22の臨床分離株の5 'LTR割り当てを特定しました。結果は、22のテストされた株のうち16が以前のLTR非依存分類システムと一貫したサブタイプ分類を示したことを明らかにしました。ただし、5 'LTR内の再結合イベントが実証された6株は、予期せず異なるサブタイプ分類を示し、SP1、p53、およびNF-κBを含む重要な転写因子の結合部位の有意な変化をリードしました。これらの転写因子の結合変化は、おそらく5 'LTRの転写活性に影響します。この研究では、HIV-1 5 'LTRの統一分類システムを補足しました。これは、HIV-1の特性評価を促進し、基本的および臨床研究分野の両方に役立ちます。

The HIV-1 provirus mainly consists of internal coding region flanked by 1 long terminal repeats (LTRs) at each terminus. The LTRs play important roles in HIV-1 reverse transcription, integration, and transcription. However, despite of the significant study advances of the internal coding regions of HIV-1 by using definite reference classification, there are no systematic and phylogenetic classifications for HIV-1 5' LTRs, which hinders our elaboration on 5' LTR and a better understanding of the viral origin, spread and therapy. Here, by analyzing all available resources of 5' LTR sequences in public databases following 4 recognized principles for the reference classification, 83 representatives and 14 consensus sequences were identified as representatives of 2 groups, 6 subtypes, 6 sub-subtypes, and 9 CRFs. To test the reliability of the supplemented classification system, the constructed references were applied to identify the 5' LTR assignment of the 22 clinical isolates in China. The results revealed that 16 out of 22 tested strains showed a consistent subtype classification with the previous LTR-independent classification system. However, 6 strains, for which recombination events within 5' LTR were demonstrated, unexpectedly showed a different subtype classification, leading a significant change of binding sites for important transcription factors including SP1, p53, and NF-κB. The binding change of these transcriptional factors would probably affect the transcriptional activity of 5' LTR. This study supplemented a unified classification system for HIV-1 5' LTRs, which will facilitate HIV-1 characterization and be helpful for both basic and clinical research fields.