2021年にカメルーンで循環するSARS-COV-2バリアントの識別のための部分的なスパイク遺伝子シーケンス

はじめに：重度の急性呼吸器症候群に関連するコロナウイルス2（SARS-COV-2）遺伝的配列と関連するメタデータのグローバルモニタリングは、コロナウイルス疾患2019（Covid-19）反応に不可欠です。したがって、サンガーの部分的なゲノムシーケンス技術を使用して、カメルーンのSARS-COV-2の循環バリアントを監視しました。 方法論：鼻咽頭標本は、2021年1月から12月の間に国家ガイドラインに続いてSARS-COV-2の疑いのある人から収集されました。SARS-COV-2サンガーシーケンス法を使用。 結果：2021年、1481年のリアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）SARS-COV-2陽性サンプルを選択して、SARS-COV-2のS遺伝子の部分的な配列決定を選択しました。これらの中で、878は優れたシーケンス製品を生成しました。合計231の可能性のあるバリアント（26.3％）が特定されました。バリアントは、主にデルタ（70.6％）、アルファ（15.6％）、オミクロン（7.4％）、ベータ（3.5％）、MU（1.7％）、ガンマ（0.4％）で表されていました。参照株を伴うカメルーンからの可能性のあるバリアントの系統発生分析により、それぞれの参照シーケンスとクラスター化されたすべての以前の懸念バリアント（VOC）が確認されました。 結論：S遺伝子の部分的なシーケンスに基づいてカメルーンで実装された監視戦略は、主要な循環バリアントの識別を可能にし、これらのバリアントの分布に関する情報を提供しました。

INTRODUCTION: Global monitoring of severe acute respiratory syndrome related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genetic sequences and associated metadata is essential for coronavirus disease 2019 (COVID-19) response. Therefore, Sanger's partial genome sequencing technique was used to monitor the circulating variants of SARS-CoV-2 in Cameroon. METHODOLOGY: Nasopharyngeal specimen was collected from persons suspected of SARS-CoV-2 following the national guidelines between January and December 2021. All specimens with cycle threshold (Ct) below 30 after amplification were eligible for sequencing of the partial spike (S) gene of SARS-CoV-2 using the Sanger sequencing method. RESULTS: During the year 2021, 1481 real time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) SARS-CoV-2 positive samples were selected for partial sequencing of the S gene of SARS-CoV-2. Amongst these, 878 yielded good sequencing products. A total of 231 probable variants (26.3%) were identified. The variants were mainly represented by Delta (70.6%), Alpha (15.6%), Omicron (7.4%), Beta (3.5%), Mu (1.7%) and Gamma (0.4%). Phylogenetic analysis of the probable variants from Cameroon with reference strains confirmed that all prior and current variants of concern (VOC) clustered with their respective reference sequences. CONCLUSIONS: The surveillance strategy implemented in Cameroon, based on partial sequencing of the S gene enabled identification of the major circulating variants and provided information on the distribution of these variants, which contributed to implementing public health measures to control disease spread in the country.