DIAベースのLC-MS/MSメソッドによる母乳プロテオームのカバレッジの改善

母乳の組成には、生存可能な細胞、脂質、タンパク質などの多数の生物活性因子が含まれています。母乳血漿中の特定のタンパク質のレベルを測定することは、タンパク質濃度の大きなダイナミックレンジと干渉物質の存在のために困難な場合があります。したがって、母乳のほとんどのプロテオーム研究は、1000未満のタンパク質を特定することができました。最適化された手順とミルクプロテオームの研究で使用される最新の分離技術は、母乳プロテオームのより正確な知識につながる可能性があります。この研究（n = 53）は、直接的なDIA、ライブラリベースのDIA法、直接DIAとライブラリベースのDIAを組み合わせたハイブリッド法を含む3つの異なるタンパク質定量化方法を利用しています。平均して、ハイブリッド法で2400個のタンパク質を特定しました。これらの方法を適用することにより、母乳プロテオームのボディマス指数（BMI）関連の変動を定量化しました。肥満と太りすぎの母親の母乳プロテオームを比較すると、210の有意に異なるタンパク質がありました。さらに、高電界非対称波形イオン移動度分光法（FAIMS）によって小さなコホート（n = 5、53サンプルからランダムに選択された）を分析しました。Faimsは、Q Exactive HF質量分析計と比較して、タンパク質の同定数が41.7％増加したOrbitrap Fusion Lumos Mass分析計と相まっています。

The breast milk composition includes a multitude of bioactive factors such as viable cells, lipids and proteins. Measuring the levels of specific proteins in breast milk plasma can be challenging because of the large dynamic range of protein concentrations and the presence of interfering substances. Therefore, most proteomic studies of breast milk have been able to identify under 1000 proteins. Optimised procedures and the latest separation technologies used in milk proteome research could lead to more precise knowledge of breast milk proteome. This study (n = 53) utilizes three different protein quantification methods, including direct DIA, library-based DIA method and a hybrid method combining direct DIA and library-based DIA. On average we identified 2400 proteins by hybrid method. By applying these methods, we quantified body mass index (BMI) associated variation in breast milk proteomes. There were 210 significantly different proteins when comparing the breast milk proteome of obese and overweight mothers. In addition, we analysed a small cohort (n = 5, randomly selected from 53 samples) by high field asymmetric waveform ion mobility spectrometry (FAIMS). FAIMS coupled with the Orbitrap Fusion Lumos mass spectrometer, which led to 41.7% higher number of protein identifications compared to Q Exactive HF mass spectrometer.