ブラジル、ペルナンブコのアゾール感受性クレードIVによって引き起こされる多施設カンジダオーリスの発生

背景：Candida Aurisは、新たな多剤耐性酵母であり、頻繁に医療施設で発生を引き起こします。病原体は、人間の皮膚とカテーテルなどの無生物の表面を持続的にコロニーで定着させ、その広がりを助けます。さらに、植民地化は浸潤性感染症を発症する危険因子です。 目的：私たちは、単一のブラジル国家の4つの異なるセンターから生まれた、非滅菌の人体部位（n = 53）および病院環境（n = 8）から分離された61 C.オーリス株を調査しました。 材料と方法：一般的な抗真菌性に対する抗真菌性感受性試験（AFST）が実施され、耐性関連遺伝子が評価されました。遺伝的関連性は、短いタンデムリピート（STR）ジェノタイピングで調査され、全ゲノムシーケンス（WGS）単一ヌクレオチド多型（SNP）分析で検証されました。 結果：抗真菌性感受性試験により、すべての分離株がAzoles、Echinocandins、Amphotericin Bの影響を受けやすいことが示されました。ERG11およびFKS1遺伝子では変異は検出されませんでした。STRタイピングにより、分離株はIVをクレードするように割り当てられ、密接に関連しているように見えました。これは、6つの分離株のWGS SNP分析によって確認され、これらの株間の41 SNPのみの最大差が示されました。さらに、ブラジルの分離株は、国外からの最近の紹介を除き、クレードIV内の明確な自己枝の枝を形成しました。さまざまな国からのクレードIV分離株の分子時計分析は、前世紀の初めにラテンアメリカ大陸中のC.オーリスの祖先の環境拡散を引き起こすユニークなイベントがあり、過去数十年間に人間の紹介が続くことを示唆しています。 結論：ブラジルのペルナンブコ州におけるフルコナゾール受け入れ可能なクレードIV密接な関連株による複数の中心におけるC. auris患者のコロニー形成の出現を報告します。

BACKGROUND: Candida auris is an emerging multidrug-resistant yeast, frequently causing outbreaks in health care facilities. The pathogen persistently colonises human skin and inanimate surfaces such as catheters, aiding to its spread. Moreover, colonisation is a risk factor to develop invasive infection. OBJECTIVES: We investigated 61 C. auris strains isolated from non-sterile human body sites (n = 53) and the hospital environment (n = 8), originating from four different centres in a single Brazilian state. MATERIALS AND METHODS: Antifungal susceptibility testing (AFST) against common antifungals was performed, and resistance-associated genes were evaluated. Genetic relatedness was investigated with short tandem repeat (STR) genotyping and validated with whole-genome sequencing (WGS) single nucleotide polymorphism (SNP) analysis. RESULTS: Antifungal susceptibility testing demonstrated that all isolates were susceptible to azoles, echinocandins and amphotericin B. No mutations were detected in ERG11 and FKS1 genes. With STR typing, isolates were allocated to clade IV and appeared closely related. This was confirmed by WGS SNP analysis of 6 isolates, which demonstrated a maximal difference of only 41 SNPs between these strains. Furthermore, the Brazilian isolates formed a distinct autochthonous branch within clade IV, excluding recent introductions from outside the country. A molecular clock analysis of clade IV isolates from various countries suggests that early in the previous century there was a unique event causing environmental spread of a C. auris ancestor throughout the Latin-American continent, followed by human introduction during the last decades. CONCLUSION: We report the emergence of C. auris patient colonisation in multiple centres by fluconazole-susceptible clade IV close-related strains in Pernambuco State, Brazil.