ウズベキスタン患者で同定されたSARS-COV-2ゲノムの最も正確な変異は、新しいアミノ酸の変化を示しています

目的：コロナウイルスゲノムの急速な変化は、2019年にWuhanで最初のバリエーションが見つかった後に新しい株を生み出しました。SARS-COV-2遺伝子型は、ウイルスとの闘いに非常に役立つため、それを制御するために定期的に全ゲノム配列決定を受ける必要があります。多くの診断、治療、およびワクチン接種は、ゲノムシーケンスに基づいてそれに対して開発されています。その実用的な意味を持ち、この研究は、ゲノムシーケンスによりパンデミック中にウズベキスタンで広く普及しているSARS-COV-2のDeltaバリアントの変化を決定することを目的としており、それにより、現場で直接適用できる効果的な制御戦略を開発するための重要な洞察を提供します。 設計：ウズベキスタン州タシュケントのPCRによって陽性であるCOVID-19患者の48のSARS-COV-2遺伝子型から17の高品質の全ゲノム配列データを細心の注意を払って生成しました。厳しい品質管理措置と複数の検証を含む私たちの厳格なアプローチにより、調査結果の正確性と信頼性が保証されます。 方法：私たちの研究では、ウイルスゲノムのアミノ酸（AA）の変化を分析するために、ゲノムシーケンスとバイオインフォマティクスWebツールのユニークな組み合わせを採用しました。このアプローチにより、パンデミック中にウズベキスタンで広まっているSARS-COV-2のデルタ変異の遺伝的変化を理解することができました。 結果：私たちの研究では、シーケンスされたサンプルゲノムのコード領域における非同義語（ミスセンス）や同義の変異を含む、重要なヌクレオチド多型が明らかになりました。これらの発見は、系統発生分析によってGクレード（またはGKサブクレード）に分類され、パンデミック中にウズベキスタンで広まっているSARS-Cov-2のデルタ変異体の理解に貢献しています。合計134の変異が特定され、65の共有と69のユニークな突然変異で構成されています。これらのヌクレオチドの変化は、1つのフレームシフト突然変異、1つの保守的で破壊的な挿入除去、4つの上流領域変異、4つの下流領域変異、39の同義突然変異、84のミスセンス変異を含む、ウイルスとの進行中の戦いにおいて重要です。 結論：この研究で提示された包括的な全ゲノムシーケンスデータは、循環SARS-COV-2バリアントの起源とソースを追跡し、ウズベキスタンおよび世界中の新たなバリエーションを分析するのに役立ちます。2021年後半にウズベキスタンで収集されたサンプルからのSARS-COV-2のゲノムシーケンスは、パンデミックの第2波の全国のピーク中に詳述されています。これらのシーケンスを獲得した後、研究の取り組みは、現在臨床試験を受けているウズベキスタンで一般的なSARS-COV-2株を利用したDNAと植物ベースの食用ワクチンの開発に焦点を当てています。

PURPOSE: The rapid changes in the coronavirus genomes created new strains after the first variation was found in Wuhan in 2019. SARS-CoV-2 genotypes should periodically undergo whole genome sequencing to control it because it has been extremely helpful in combating the virus. Many diagnoses, treatments, and vaccinations have been developed against it based on genome sequencing. With its practical implications, this study aimed to determine changes in the delta variant of SARS-CoV-2 widespread in Uzbekistan during the pandemic by genome sequencing, thereby providing crucial insights for developing effective control strategies that can be directly applied in the field. DESIGN: We meticulously generated 17 high-quality whole-genome sequence data from 48 SARS-CoV-2 genotypes of COVID-19 patients who tested positive by PCR in Tashkent, Uzbekistan. Our rigorous approach, which includes stringent quality control measures and multiple rounds of verification, ensures the accuracy and reliability of our findings. METHODS: Our study employed a unique combination of genome sequencing and bioinformatics web tools to analyze amino acid (AA) changes in the virus genomes. This approach allowed us to understand the genetic changes in the delta variant of SARS-CoV-2 widespread in Uzbekistan during the pandemic. RESULTS: Our study revealed significant nucleotide polymorphisms, including non-synonymous (missense) and synonymous mutations in the coding regions of the sequenced sample genomes. These findings, categorized by phylogenetic analysis into the G clade (or GK sub-clade), contribute to our understanding of the delta variant of SARS-CoV-2 widespread in Uzbekistan during the pandemic. A total of 134 mutations were identified, consisting of 65 shared and 69 unique mutations. These nucleotide changes, including one frameshift mutation, one conservative and disruptive insertion-deletion, four upstream region mutations, four downstream region mutations, 39 synonymous mutations, and 84 missense mutations, are crucial in the ongoing battle against the virus. CONCLUSION: The comprehensive whole-genome sequencing data presented in this study aids in tracing the origins and sources of circulating SARS-CoV-2 variants and analyzing emerging variations within Uzbekistan and globally. The genome sequencing of SARS-CoV-2 from samples collected in Uzbekistan in late 2021, during the peak of the pandemic's second wave nationwide, is detailed here. Following acquiring these sequences, research efforts have focused on developing DNA and plant-based edible vaccines utilizing prevalent SARS-CoV-2 strains in Uzbekistan, which are currently undergoing clinical trials.