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本質的なエピジェネティックな変化であるDNAメチル化は、免疫応答などのさまざまな生物学的プロセスに密接に関連しています。太平洋オイスター（クラッソストレアギガス）のエピジェネティックな調節メカニズムを特定するために、C。gigas（wgbs）で、Alginolytusビブリオの感染後0時間、6時間、48時間でC. gigasで実施されました。6時間および48時間で、それぞれ0時間と比較して、合計11,502および14,196の差次的にメチル化された領域（DMR）が特定されました（P <0.05、FDR <0.001）。遺伝子オントロジー（GO）分析は、免疫、細胞骨格、エピジェネティックな修飾、代謝プロセスなどのさまざまな生物学的経路で、示差的にメチル化された遺伝子（DMG）が有意に濃縮されることを示しました。遺伝子およびゲノム（KEGG）経路分析の京都百科事典は、転写機構（KO03021）が最も重要な経路の1つであることを示しました。統合されたトランスクリプトームとメチローム分析により、6時間と48時間でそれぞれ167および379 DMG関連の°を識別することができました。これらの遺伝子は、核因子カッパB（NF-κB）シグナル伝達経路（KO04064）および腫瘍壊死因子（TNF）シグナル伝達経路（KO04668）を含む免疫関連経路で有意に濃縮されました。興味深いことに、NF-κB経路は、TNF受容体関連因子2（TRAF2）および3（BIRC3、ヒトBIRC2のホモログ）を含むバキュロウイルスIAPリピートによって共同で活性化できることが観察されています。V. alginolyticus感染による。この研究を通じて、C。gigasの免疫関連遺伝子のエピジェネティックな調節に関する洞察に富んだ情報を提供しました。これは、無脊椎動物の細菌感染に対する自然免疫系の変調と防御メカニズムの理解に役立ちます。
本質的なエピジェネティックな変化であるDNAメチル化は、免疫応答などのさまざまな生物学的プロセスに密接に関連しています。太平洋オイスター（クラッソストレアギガス）のエピジェネティックな調節メカニズムを特定するために、C。gigas（wgbs）で、Alginolytusビブリオの感染後0時間、6時間、48時間でC. gigasで実施されました。6時間および48時間で、それぞれ0時間と比較して、合計11,502および14,196の差次的にメチル化された領域（DMR）が特定されました（P <0.05、FDR <0.001）。遺伝子オントロジー（GO）分析は、免疫、細胞骨格、エピジェネティックな修飾、代謝プロセスなどのさまざまな生物学的経路で、示差的にメチル化された遺伝子（DMG）が有意に濃縮されることを示しました。遺伝子およびゲノム（KEGG）経路分析の京都百科事典は、転写機構（KO03021）が最も重要な経路の1つであることを示しました。統合されたトランスクリプトームとメチローム分析により、6時間と48時間でそれぞれ167および379 DMG関連の°を識別することができました。これらの遺伝子は、核因子カッパB（NF-κB）シグナル伝達経路（KO04064）および腫瘍壊死因子（TNF）シグナル伝達経路（KO04668）を含む免疫関連経路で有意に濃縮されました。興味深いことに、NF-κB経路は、TNF受容体関連因子2（TRAF2）および3（BIRC3、ヒトBIRC2のホモログ）を含むバキュロウイルスIAPリピートによって共同で活性化できることが観察されています。V. alginolyticus感染による。この研究を通じて、C。gigasの免疫関連遺伝子のエピジェネティックな調節に関する洞察に富んだ情報を提供しました。これは、無脊椎動物の細菌感染に対する自然免疫系の変調と防御メカニズムの理解に役立ちます。
DNA methylation, an essential epigenetic alteration, is tightly linked to a variety of biological processes, such as immune response. To identify the epigenetic regulatory mechanism in Pacific oyster (Crassostrea gigas), whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) was conducted on C. gigas at 0 h, 6 h, and 48 h after infection with Vibrio alginolyticus. At 6 h and 48 h, a total of 11,502 and 14,196 differentially methylated regions (DMRs) were identified (p<0.05, FDR<0.001) compared to 0 h, respectively. Gene ontology (GO) analysis showed that differentially methylated genes (DMGs) were significantly enriched in various biological pathways including immunity, cytoskeleton, epigenetic modification, and metabolic processes. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis showed that transcription machinery (ko03021) is one of the most important pathways. Integrated transcriptome and methylome analyses allowed the identification of 167 and 379 DMG-related DEGs at 6 h and 48 h, respectively. These genes were significantly enriched in immune-related pathways, including nuclear factor kappa B (NF-κB) signaling pathway (ko04064) and tumor necrosis factor (TNF) signaling pathway (ko04668). Interestingly, it's observed that the NF-κB pathway could be activated jointly by TNF Receptor Associated Factor 2 (TRAF2) and Baculoviral IAP Repeat Containing 3 (BIRC3, the homolog of human BIRC2) which were regulated by DNA methylation in response to the challenge posed by V. alginolyticus infection. Through this study, we provided insightful information about the epigenetic regulation of immunity-related genes in the C. gigas, which will be valuable for the understanding of the innate immune system modulation and defense mechanism against bacterial infection in invertebrates.
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