ナノストリングNCounterプラットフォームを使用した迅速な遺伝子融合検査では、サハラ以南のアフリカで小児白血病診断を改善します

リスクの層別化と分子ターゲティングは、高所得国の小児癌の治癒率を高めるための鍵となりました。対照的に、低リソースの設定における正確な診断は、病理インフラストラクチャが不十分であることによって妨げられています。グローバルホーププログラムは、地元の臨床ケアと診断能力を構築することにより、サハラ以南のアフリカ（SSA）の小児がんの結果を改善することを目的としています。この研究の目的は、SSAの白血病診断を改善するために分子アッセイを実装する可能性を評価することを目的としています。米国で以前に検証されていたカスタムナノストリングNCounter遺伝子融合アッセイを使用して、疑わしい白血病患者のサンプルをテストしました。ナノストリングプラットフォームは、比較的低コスト、最小限の技術的およびバイオインフォマティクスの専門知識が必要であるため、最適なRNAをテストする能力、および迅速なターンアラウンド時間のために選択されました。融合結果は盲目的に分析され、その後、形態学およびフローサイトメトリーの結果と比較しました。117の白血病サンプルのうち、74は融合陽性、30は陰性であり、7は解釈できず、6つのRNA品質が失敗しました。9つの追加サンプルは、フローサイトメトリーによる白血病について陰性であり、遺伝子融合は陰性でした。すべての74の遺伝子融合は、フローサイトメトリーによって決定された免疫表現型と整列しています。14のサンプルには、遺伝子融合の結果の精度をさらに確認するための追加情報がありました。このテストは、症例の60％以上でより正確な診断を提供し、診断で検出された場合、利用可能なチロシンキナーゼ阻害剤で治療できる9症例が特定されました。SSAでリスク層別化された標的療法がより利用できるようになると、このテストをリアルタイムで実装することで、小児がんの治療が最適化された治療のリスク層別化を組み込むために動くことができます。

Risk stratification and molecular targeting have been key to increasing cure rates for pediatric cancers in high-income countries. In contrast, precise diagnosis in low-resource settings is hindered by insufficient pathology infrastructure. The Global HOPE program aims to improve outcomes for pediatric cancer in Sub-Saharan Africa (SSA) by building local clinical care and diagnostic capacity. This study aimed to assess the feasibility of implementing molecular assays to improve leukemia diagnoses in SSA. Custom NanoString nCounter gene fusion assays, previously validated in the US, were used to test samples from suspected leukemia patients. The NanoString platform was chosen due to relatively low cost, minimal technical and bioinformatics expertise required, ability to test sub-optimal RNA, and rapid turnaround time. Fusion results were analyzed blindly, then compared to morphology and flow cytometry results. Of 117 leukemia samples, 74 were fusion-positive, 30 were negative, 7 were not interpretable, and 6 failed RNA quality. Nine additional samples were negative for leukemia by flow cytometry and negative for gene fusions. All 74 gene fusions aligned with the immunophenotype determined by flow cytometry. Fourteen samples had additional information available to further confirm the accuracy of the gene fusion results. The testing provided a more precise diagnosis in >60% of cases, and 9 cases were identified that could be treated with an available tyrosine kinase inhibitor, if detected at diagnosis. As risk-stratified and targeted therapies become more available in SSA, implementing this testing in real-time will enable the treatment of pediatric cancer to move toward incorporating risk stratification for optimized therapy.