南アジアのCovid-19の歴史と監視：更新された疫学評価

背景：この研究では、2020年に最初にこの地域の追加のデータを使用して2020年に実施した南アジアのCovid-19パンデミックサーベイランスを更新します。2023年5月5日に世界保健機関（WHO）がCOVID-19の出版物緊急事態を終了した時点で、Covid-19がパンデミックから風土病に移行したかどうかを評価しました。 目的：まず、WHO宣言周辺の南アジアのパンデミックで拡大または収縮があったかどうかを測定することを目指しています。第二に、私たちは動的およびゲノム監視方法を使用して、地域のパンデミックの歴史を説明し、より広い歴史の中でWHO宣言の窓を位置づけます。第三に、南アジアのパンデミックの過程に歴史的背景を提供することを目指しています。 方法：従来の監視データの更新と、元の研究からの動的なパネルの推定に加えて、Welch et al。（2021）、この研究では、すべてのインフルエンザデータ（GISAID）を共有するためのグローバルイニシアチブからのシーケンスされたSARS-COV-2バリアントに関するデータを使用して、懸念のあるバリアントの外観と持続時間を特定しました。NextCladeの命名法を使用して、SARS-COV-2の系統指定のために、シーケンスとパンゴリン命名法からクレード指定を収集しました。最後に、人口100,000人あたりの地域の毎週の速度または透過率が10のアウトブレイクのしきい値を超えているかどうかについて、片側のt検定を実施しました。サンプル期間にわたって6か月のデータでテストを繰り返し実行しました。 結果：地域の速度は、WHO宣言の時までに1年以上にわたってアウトブレイクのしきい値を下回ったままでした。加速とジャークも低く、安定していました。1日間の持続係数は統計的に有意で陽性のままでしたが（1.168）、7日間の持続係数は陰性（-0.185）であり、特定の日のケースが7日前のケースを予測する限られたクラスター効果を示唆しています。さらに、2023年5月5日頃の最近の2週間の2週間のいずれかのシフトパラメーターは、WHO宣言の時期に持続測定の全体的な変化を示していませんでした。2021年12月以降、オミクロンは、シーケンスされたウイルスサンプルの懸念の主要な変種でした。10に等しい速度のローリングのt検定は、パンデミック全体で統計的に重要ではありませんでした。 結論：Covid-19は南アジアで循環し続けていますが、WHO宣言よりも1年以上前に、伝送率は発生閾値を下回っていました。Covid-19はこの地域で風土病であり、もはやパンデミック定義の閾値に達していません。標準的な監視メトリックと強化された監視メトリックは、WHO宣言の時期までにパンデミックが終了したことを確認しています。予防ポリシーは、将来のパンデミックに先立って焦点を当てる必要があります。その時点で、ポリシーは、広範囲にわたるテストと連絡先追跡システムを備えた疫学的タスクフォースを強調する必要があります。

BACKGROUND: This study updates the COVID-19 pandemic surveillance in South Asia we first conducted in 2020 with two additional years of data for the region. We assess whether COVID-19 had transitioned from pandemic to endemic at the point the World Health Organization (WHO) ended the publication health emergency status for COVID-19 on May 5, 2023. OBJECTIVE: First, we aim to measure whether there was an expansion or contraction in the pandemic in South Asia around the WHO declaration. Second, we use dynamic and genomic surveillance methods to describe the history of the pandemic in the region and situate the window of the WHO declaration within the broader history. Third, we aim to provide historical context for the course of the pandemic in South Asia. METHODS: In addition to updates of traditional surveillance data and dynamic panel estimates from the original study Welch et al. (2021), this study used data on sequenced SARS-CoV-2 variants from the Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) to identify the appearance and duration of variants of concern. We used Nextclade nomenclature to collect clade designations from sequences and Pangolin nomenclature for lineage designations of SARS-CoV-2. Finally, we conducted a one-sided t-test for whether regional weekly speed or transmission rate per 100,000 population was greater than an outbreak threshold of ten. We ran the test iteratively with six months of data across the sample period. RESULTS: Speed for the region remained below the outbreak threshold for over a year by the time of the WHO declaration. Acceleration and jerk were also low and stable. While the 1-day persistence coefficients remained statistically significant and positive (1.168), the 7-day persistence coefficient was negative (-0.185), suggesting limited cluster effects in which cases on a given day predict cases seven days forward. Furthermore, the shift parameters for either of the two most recent weeks around May 5, 2023, did not indicate any overall change in the persistence measure around the time of WHO declaration. From December of 2021 onward, Omicron was the predominant variant of concern in sequenced viral samples. The rolling t-test of speed equal to ten was statistically insignificant across the entire pandemic. CONCLUSIONS: While COVID-19 continues to circulate in South Asia, the rate of transmission had remained below the outbreak threshold for well over a year ahead of the WHO declaration. COVID-19 is endemic in the region and no longer reaches the threshold of the pandemic definition. Both standard and enhanced surveillance metrics confirm that the pandemic had ended by the time of the WHO declaration. Prevention policies should be a focus ahead of future pandemics. On that point, policy should emphasize an epidemiological task force with widespread testing and a contact-tracing system.