遺伝子合成の設計：pythonicアプローチ

研究者は、多くの場合、この合成生物学の時代に関心のある遺伝子を合成する必要があります。複数のDNAフラグメントのPCRアセンブリによる遺伝子合成は、広く適用される迅速かつ経済的な方法です。これまで、遺伝子合成にフラグメントを設計するためのいくつかのソフトウェアソリューションがありました。ただし、これらのソフトウェアソリューションの一部は、現在人気がないプログラミング言語を使用しています。他のソフトウェア製品は商業的であるか、ユーザーがサーバーにアクセスする必要があります。この研究では、遺伝子合成のためのDNAフラグメントを設計するためのPythonプログラムを提案します。アルゴリズムは、実験的ニーズを満たすように設計されています。また、詳細な注釈付きのソースコードは、すべてのユーザーが自由に利用できます。さらに、アルゴリズムとプログラムの実現可能性は、実験によって検証されます。私たちのプログラムは、ラボでの遺伝子合成の設計に役立ち、遺伝子構造と機能の研究を支援します。

Researchers often need to synthesize genes of interest in this era of synthetic biology. Gene synthesis by PCR assembly of multiple DNA fragments is a quick and economical method that is widely applied. Up to now, there have been a few software solutions for designing fragments in gene synthesis. However, some of these software solutions use programming languages that are not popular now, other software products are commercial or require users to visit servers. In this study, we propose a Python program to design DNA fragments for gene synthesis. The algorithm is designed to meet the experimental needs. Also, the source code with detailed annotation is freely available for all users. Furthermore, the feasibility of the algorithm and the program is validated by experiments. Our program can be useful for the design of gene synthesis in the labs and help the study of gene structure and function.