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すると翻訳の精度が向上します
このテクニカルノートは、バイオ流体、細胞、および組織全体の軌道とアストラルの質量分析装置の新しい組み合わせのための包括的なプロテオミクスワークフローを提示します。ワークフローの中心は、細胞および組織溶解の適応焦点音響（AFA）テクノロジーを統合して、ハイスループットで堅牢で再現可能なサンプル調製を確保することです。さらに、タンパク質消化のための洗剤互換のシングルポット、固相強化サンプル調製（SP3）方法を自動化しました。これらの高度な方法論の相乗効果は、細胞および組織分析のための堅牢でハイスループットのアプローチを促進します。これは、翻訳研究における重要な考慮事項です。この作業は、プラットフォームのワークフローを広め、有効性を分析し、結果の再現性を示し、バイオマーカーの発見と疾患の病理におけるこれらの技術の可能性を強調しています。データに依存しない獲得モードによる細胞および組織（心臓、肝臓、肺、および腸）のタンパク質分析の場合、10,000を超えるタンパク質を超える識別は、24分の活性勾配で達成できます。複数の勾配にわたる200 ngのHELA注射では、平均80％以上のタンパク質が20％未満のCVを持ち、45分間の実行カバーは発現プロテオームの約90％をカバーしています。この完全なワークフローにより、プロテオームの大規模なスワスを識別でき、多様なサンプルタイプと互換性があります。
このテクニカルノートは、バイオ流体、細胞、および組織全体の軌道とアストラルの質量分析装置の新しい組み合わせのための包括的なプロテオミクスワークフローを提示します。ワークフローの中心は、細胞および組織溶解の適応焦点音響（AFA）テクノロジーを統合して、ハイスループットで堅牢で再現可能なサンプル調製を確保することです。さらに、タンパク質消化のための洗剤互換のシングルポット、固相強化サンプル調製（SP3）方法を自動化しました。これらの高度な方法論の相乗効果は、細胞および組織分析のための堅牢でハイスループットのアプローチを促進します。これは、翻訳研究における重要な考慮事項です。この作業は、プラットフォームのワークフローを広め、有効性を分析し、結果の再現性を示し、バイオマーカーの発見と疾患の病理におけるこれらの技術の可能性を強調しています。データに依存しない獲得モードによる細胞および組織（心臓、肝臓、肺、および腸）のタンパク質分析の場合、10,000を超えるタンパク質を超える識別は、24分の活性勾配で達成できます。複数の勾配にわたる200 ngのHELA注射では、平均80％以上のタンパク質が20％未満のCVを持ち、45分間の実行カバーは発現プロテオームの約90％をカバーしています。この完全なワークフローにより、プロテオームの大規模なスワスを識別でき、多様なサンプルタイプと互換性があります。
This Technical Note presents a comprehensive proteomics workflow for the new combination of Orbitrap and Astral mass analyzers across biofluids, cells, and tissues. Central to our workflow is the integration of Adaptive Focused Acoustics (AFA) technology for cells and tissue lysis to ensure robust and reproducible sample preparation in a high-throughput manner. Furthermore, we automated the detergent-compatible single-pot, solid-phase-enhanced sample Preparation (SP3) method for protein digestion. The synergy of these advanced methodologies facilitates a robust and high-throughput approach for cell and tissue analysis, an important consideration in translational research. This work disseminates our platform workflow, analyzes the effectiveness, demonstrates the reproducibility of the results, and highlights the potential of these technologies in biomarker discovery and disease pathology. For cells and tissues (heart, liver, lung, and intestine) proteomics analysis by data-independent acquisition mode, identifications exceeding 10,000 proteins can be achieved with a 24 min active gradient. In 200 ng injections of HeLa digest across multiple gradients, an average of more than 80% of proteins have a CV less than 20%, and a 45 min run covers ∼90% of the expressed proteome. This complete workflow allows for large swaths of the proteome to be identified and is compatible with diverse sample types.
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