2つの栽培されたジュジューブの染色体レベルのゲノムアセンブリ

Jujube（Ziziphus jujuba Mill。）は、経済的、食用、薬用、生態学的な保全の利点を持つ貴重な樹種です。この研究では、Pacbio HifiシーケンスとHi-Cテクノロジーを使用して、2つの栽培されたジュジュブの染色体レベルのゲノムを組み立てました。「Lingwuchangzao」と「Shiguang」のゲノムサイズは、それぞれ385.66 MBおよび394.12 MBで、Contig N50サイズは30.62 MBおよび4.30 MBでした。これらのゲノムには、それぞれ31,082および31,015のタンパク質コーディング遺伝子が含まれており、それぞれ42.11％と42.33％の元素含有量を繰り返しました。系統解析により、「Lingwuchangzao」が「Shiguang」の姉妹であり、「Dongzao」が続くことが明らかになりました。さらに、「Lingwuchangzao」、「Shiguang」、「Dongzao」、「Junzao」、および「Suanzao」の遺伝子ファミリーの比較分析により、15,988（57.98％）のコア遺伝子ファミリー、11,191（40.59％）の装飾可能な遺伝子ファミリー、394（394）が特定されました（1.43％）私的遺伝子ファミリー。全体として、これら2つの栽培されたJujube品種のゲノムの組み立ては、Jujubeの進化、機能的ゲノミクス研究、および分子繁殖のための貴重な遺伝情報を提供します。

Jujube (Ziziphus jujuba Mill.) is a valuable tree species with economic, edible, medicinal, and ecological conservation benefits. In this study, we used PacBio HiFi sequencing and Hi-C technology to assemble chromosome-level genomes of two cultivated Jujubes, namely 'Lingwuchangzao' and 'Shiguang'. The genome sizes of 'Lingwuchangzao' and 'Shiguang' were 385.66 Mb and 394.12 Mb, respectively, with contig N50 sizes of 30.62 Mb and 4.30 Mb. These genomes contained 31,082 and 31,015 protein-coding genes, with repeat element contents of 42.11% and 42.33%, respectively. Phylogenetic analysis revealed that 'Lingwuchangzao' was sister to 'Shiguang' and followed by 'Dongzao'. Additionally, comparative analysis of gene families among 'Lingwuchangzao', 'Shiguang', 'Dongzao', 'Junzao', and 'Suanzao' identified 15,988 (57.98%) core gene families, 11,191 (40.59%) disposable gene families, and 394 (1.43%) private gene families. Overall, the assembly of the genomes of these two cultivated Jujube varieties provides valuable genetic information for Jujube evolution, functional genomics research, and molecular breeding.