大腸菌の16秒のリボソームRNAの中心ドメインとのリボソームタンパク質S6、S8、S15、およびS18との相互作用

30秒のリボソームサブユニットタンパク質S6、S8、S15、およびS18の協同組合相互作用は、大腸菌の16秒のリボソームRNAとの協同組合相互作用を、（1）各タンパク質の結合が他のタンパク質によってどのように影響されるかを決定することによって研究されました。一連のタンパク質-RNAフラグメント複合体。S8とS15は16 S rRNAと独立して関連することが知られていますが、S18の結合はS8とS15に依存し、S6の結合はS8、S15、およびS18を必要とすることがわかりました。リボ核タンパク質（RNP）断片は、部分的なRNase加水分解により、S8-、S8/S15-およびS6/S8/S15/S18-16 S rRNA複合体に由来し、MG2+ - コンテンを介したポリアクリルアミドゲルまたはムソースグレジンを介した電気泳動により分離されました。硫酸ナトリウムの存在下でのゲル電気泳動による各RNPに関連するタンパク質の同定により、対応するフラグメント複合体におけるS8、S8 + S15、およびS6 + S8 + S15 + S18の存在が示されました。RNP粒子のRRNA成分の分析により、S8はヌクレオチド583から605および624〜653に結合し、S8およびS15がヌクレオチド583から605、624から672および733から757に関連していることが確認されました。S15およびS18は、ヌクレオチド563から605、624〜680、702から770、818〜839および844〜891を保護することが示されました。各タンパク質の結合部位には、ヘリカル要素と、単一の膨らんだヌクレオチドから20塩基までのサイズの範囲の一本鎖内部ループが含まれています。16 s rRNAの中心ドメイン内の3つの端子ループと1つのステムループ構造は、4タンパク質複合体では保護されていませんでした。興味深いことに、これらの保護されていない領域内または非常に近い塩基は、30秒のサブユニットでは化学および酵素プローブが70秒のリボソームではアクセスできないことが示されています。さらに、保護されていないループの1つに隣接するヌクレオチドは、16秒のrRNAの3 '末端近くの領域に架橋されています。私たちの観察結果と他の観察結果は、S6、S8、S15、またはS18との相互作用によって隔離されていないこのドメインの塩基が、サブユニット関連または1つから離れたRRNA鎖の部分間の三次相互作用に関与する役割を果たしていることを示唆しています。一次構造のもう1つ。（400語で切り捨てられた要約）

The co-operative interaction of 30 S ribosomal subunit proteins S6, S8, S15 and S18 with 16 S ribosomal RNA from Escherichia coli was studied by (1) determining how the binding of each protein is influenced by the others and (2) characterizing a series of protein-rRNA fragment complexes. Whereas S8 and S15 are known to associate independently with the 16 S rRNA, binding of S18 depended upon S8 and S15, and binding of S6 was found to require S8, S15 and S18. Ribonucleoprotein (RNP) fragments were derived from the S8-, S8/S15- and S6/S8/S15/S18-16 S rRNA complexes by partial RNase hydrolysis and isolated by electrophoresis through Mg2+-containing polyacrylamide gels or by centrifugation through sucrose gradients. Identification of the proteins associated with each RNP by gel electrophoresis in the presence of sodium dodecyl sulfate demonstrated the presence of S8, S8 + S15 and S6 + S8 + S15 + S18 in the corresponding fragment complexes. Analysis of the rRNA components of the RNP particles confirmed that S8 was bound to nucleotides 583 to 605 and 624 to 653, and that S8 and S15 were associated with nucleotides 583 to 605, 624 to 672 and 733 to 757. Proteins S6, S8, S15 and S18 were shown to protect nucleotides 563 to 605, 624 to 680, 702 to 770, 818 to 839 and 844 to 891, which span the entire central domain of the 16 S rRNA molecule (nucleotides 560 to 890). The binding site for each protein contains helical elements as well as single-stranded internal loops ranging in size from a single bulged nucleotide to 20 bases. Three terminal loops and one stem-loop structure within the central domain of the 16 S rRNA were not protected in the four-protein complex. Interestingly, bases within or very close to these unprotected regions have been shown to be accessible to chemical and enzymatic probes in 30 S subunits but not in 70 S ribosomes. Furthermore, nucleotides adjacent to one of the unprotected loops have been cross-linked to a region near the 3' end of 16 S rRNA. Our observations and those of others suggest that the bases in this domain that are not sequestered by interactions with S6, S8, S15 or S18 play a role involved in subunit association or in tertiary interactions between portions of the rRNA chain that are distant from one-another in the primary structure.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)