23S RNAの二次および三次構造における一連のRNA内架橋の局在、大腸菌50Sリボソームサブユニットの紫外線照射によって誘導

軽度の紫外線照射により、大腸菌50SリボソームサブユニットにRNA内架橋を導入しました。サブユニットは、Cobra毒ヌクレアーゼで部分的に消化され、架橋RNA複合体は2次元の電気泳動により分離されました。複合体の多くは、2番目の部分消化手順に提出されました。この方法で得られたRNAフラグメントのオリゴヌクレオチド分析により、23S RNAの次のリボヌクレアーゼT1オリゴヌクレオチド間のクロスリンクが確立されました。601-604および652-656;1018-1022および1140-1149;1433-1435および1556-1560;1836-1839および1898-1903;2832-2834（暫定）および2878-2885;2849-2852および2865-2867（暫定）;739-748および2609-2618;571-577および2030-2032;1777-1792（暫定）および2584-2588。これらの架橋の最初の7つは、23S RNAの二次構造内にありますが、最後の3つは三次構造架橋です。個々の決定の精度の程度は、関係する架橋部位の近くのヌクレオチド配列に応じて、さまざまでした。

Intra-RNA cross-links were introduced into E. coli 50S ribosomal subunits by mild ultraviolet irradiation. The subunits were partially digested with cobra venom nuclease, and the cross-linked RNA complexes were isolated by two-dimensional electrophoresis. Many of the complexes were submitted to a second partial digestion procedure. Oligonucleotide analysis of the RNA fragments obtained in this manner enabled cross-links between the following ribonuclease T1 oligonucleotides in the 23S RNA to be established: positions 292-296 and 339-350; 601-604 and 652-656; 1018-1022 and 1140-1149; 1433-1435 and 1556-1560; 1836-1839 and 1898-1903; 2832-2834 (tentative) and 2878-2885; 2849-2852 and 2865-2867 (tentative); 739-748 and 2609-2618; 571-577 and 2030-2032; 1777-1792 (tentative) and 2584-2588. The first seven of these cross-links lie within the secondary structure of the 23S RNA, whereas the last three are tertiary structural cross-links. The degree of precision of the individual determinations was variable, depending on the nucleotide sequence in the vicinity of the cross-link site concerned.