グリオキサールとアクリジンオレンジを使用したポリアクリルアミドおよびアガロースゲル上の一本鎖および二本鎖核酸の分析

核酸の変性と、ゲル電気泳動によるその後の分析のためのシンプルで迅速なシステムを開発しました。RNAとDNAは、50度で1 Mグリオキサール（Ethanedial）および50％（Vol/vol）ジメチルスルホキシドで変性します。次に、グリオキサール化された核酸は、pH 7.0で10 mMリン酸ナトリウム緩衝液のアクリルアミドまたはアガロースゲルのいずれかを介して電気泳動にさらされます。既知の分子量のグリオキサール化DNA分子が標準として使用されると、RNAの正確な分子量が得られます。さらに、ゲル中の核酸の視覚化のために、中骨染色アクリジンオレンジを使用しました。この染料は、それぞれ緑と赤の蛍光をそれぞれ、二重および一本鎖ポリヌクレオチドと異なる相互作用をします。これらの技術を使用することにより、ネイティブおよび変性DNAおよびRNA分子を同じスラブゲルで分析できます。

We have developed a simple and rapid system for the denaturation of nucleic acids and their subsequent analysis by gel electrophoresis. RNA and DNA are denatured in 1 M glyoxal (ethanedial) and 50% (vol/vol) dimethyl sulfoxide, at 50 degrees. The glyoxalated nucleic acids are then subjected to electrophoresis through either acrylamide or agarose gels in a 10 mM sodium phosphate buffer at pH 7.0. When glyoxalated DNA molecules of known molecular weights are used as standards, accurate molecular weights for RNA are obtained. Furthermore, we have employed the metachromatic stain acridine orange for visualization of nucleic acids in gels. This dye interacts differently with double- and single-stranded polynucleotides, fluorescing green and red, respectively. By using these techniques, native and denatured DNA and RNA molecules can be analyzed on the same slab gel.